塞爾達傳說—姆吉拉的假面的遊戲元素
《姆吉拉的假面》的遊戲元素是基於《時之笛》上進行擴充；它保留了地下城解謎與陶笛樂曲的概念，並引進了角色變形與三天期限的循環限制。林克壹如前集般，可進行基本的動作如行走、跑步、以及有限的跳躍，並且必須使用物品來和敵人戰鬥與解開謎題。林克主要的武器是把劍，這把劍在整個遊戲中皆可升級。遊戲亦為玩者準備了其他武器與物品 — 如林克可用盾擋開或將攻擊反擊回去、可丟德庫堅果（Deku Nut）擊暈敵人、可使用弓箭進行遠距離攻擊、可用炸彈摧毀障礙物及用其傷敵、或者使用抓鉤抓住物體或者敵人。魔法使得魔法箭、旋轉攻擊、以及其他特殊物品的使用成為可能。 盡管在《時之笛》裏，面具只用於支線任務，然而在《姆吉拉的假面》裏，面具挑了大梁成為遊戲要角。在《姆吉拉的假面》裏，***計有24個面具，其中6個必備以讓遊戲繼續進行下去。
在《姆吉拉的假面》裏，林克不像之前的塞爾達傳說遊戲那樣僅以人形貫穿整個遊戲，相反的，他可借由穿戴面具隨意轉換成不同的異族型態：德庫面具轉換林克成德庫矮人、哥隆面具轉換成哥隆、而索拉面具轉換成索拉。每個型態皆有其獨特的能力：德庫林克可以進行旋轉攻擊、從嘴巴噴彈、踩過帶荷葉的水面、以及利用德庫花進行短距離滑翔；哥隆林克可以如穿山甲般滾成壹團高速行進、以驚人的力氣揮拳、以其巨大的身軀踏地、可走過巖漿而不會受傷、以及可利用其身體重量壓下重型開關；索拉林克可快速遊泳、可從手臂射出如回旋鏢般的鰭、可產生力場、且可抗拒浮力在水底行走。只有善用這些能力才能造訪遊戲中許多必經的區域。
遊戲中的非玩家角色會根據林克與其三種型態做出不壹樣的反應。例如，哥隆與索拉進出時鐘鎮不會有問題，不過德庫矮人型態要進出會被護衛攔下，因為它太矮、只有到小孩的身高。動物亦與四種型態的林克做出不同的互動。例如，狗對人類型態的林克愛理不理，它們會攻擊德庫林克，哥隆林克會嚇壞它們，而索拉林克會讓狗狗很高興的追著他跑。
其他的面具看情況為玩者提供不同便利性。例如，大妖精面具可幫助搜集散播在四個神殿裏的迷途小妖精、兔耳面具讓林克跑得快點、而石頭面具讓大部分非玩者角色及敵人對林克視而不見。較不重要的面具壹般僅涉及可玩可不玩的分支任務或者僅在特殊的非關緊要場合使用。這類的例子有：可讓林克取得郵箱裏物品的郵差帽面具、以及啟動壹連串分支任務的卡非面具 （提供種種獎賞）。 《姆吉拉的假面》強制限定三天（72小時）遊戲時間，約合真實時間54分鐘。畫面上會顯示個時鐘以便玩者追蹤天數與時辰。林克可利用時之笛吹奏“時間之歌”回到第壹天的6:00AM。回到第壹天將存下玩者的進度及遊戲主要完成的部分，如地圖、面具、旋律、與武器的取得。已經解開的謎題、鑰匙、以及小物品將去不再返，且其他角色將不再復有與林克見過面的記憶。 林克可以借由吹奏種種時間旋律來減緩時間進行，或者跳到隔天早晨或傍晚。
旋律的他種用途包括操縱天氣、在散播於整個塔米尼亞的各座貓頭鷹雕像間的傳送、以及解開四座神殿的入口。每種變形面具使用不同的樂器：德庫林克吹排笛、哥隆林克打羚羊鼓，而索拉林克彈奏魚骨吉他。值得壹提的是，傑克森吉他社為Nintendo Power主辦競技比賽大獎專門打造壹把7弦限量版仿索拉林克魚骨吉他。 而《姆吉拉的假面》再利用了三首《時之笛》的陶笛旋律：“時間之歌”、如前所述操控天氣的“暴風雨之歌”、以及同樣用來召喚林克坐騎的“艾波娜之歌”。
在三天的循環期間，許多非玩家角色會遵循著固定的作息，故林克可以通過炸彈小子筆記本（Bomber's Notebook）追蹤他們的去向。該筆記本可最多追蹤20位需要幫助的角色，如等待人送藥的士兵、以及林克想辦法為其設局重聚的壹對已訂婚情侶。在筆記本時間線的藍棒顯示何時該角色可與之互動，而小圖示表示林克自其他角色收受了物品，如面具等等。