北京市審計局的內設機構
辦公室 負責機關政務工作 ;負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作;承擔信訪、議案、建議、提案、保密、政府信息公開等工作;負責重要事項的組織和督查工作;聯絡特約審計員; 負責審計網站的使用及日常維護。
行財處 負責編制部門預決算 ;負責機關及直屬單位的財務、固定資產、房管、房改管理工作。
綜合處 擬訂本市審計工作規劃和年度計劃 ;擬訂和下達全市性、重點審計項目的審計方案;監督審計計劃、方案的落實和執行;牽頭起草審計結果報告、審計工作報告及審計發現問題的糾正和處理結果報告; 編報全市審計業務統計報表；負責審計業務數據庫的使用、修改、更新和完善。
研究室 負責起草審計工作情況報告等綜合性文稿及全市審計工作會議等重要會議文件；負責組織開展對審計工作政策、規劃及與審計工作密切相關的重大問題進行調研；負責審計信息編輯、整理、報送等工作；根據市委、市政府研究室的要求，負責重點課題研究的立項、組織實施等工作。
法制處 負責機關推進依法行政綜合工作 ;承擔有關地方性法規草案、政府規章草案的起草工作;擬訂審計規範和指南;負責行政執法工作的監督、指導和協調;承擔行政復議、應訴的有關工作;承擔機關行政規範性文件的合法性審核和有關備案工作。
人事處 負責全局機構編制、人事管理、外事管理、安全保衛工作；負責制定全局幹部職工教育培訓計劃；按分工承擔本市審計專業技術職稱考評有關工作 ;承辦協管區縣審計機關負責人的有關事項。
內部審計指導處 負責組織起草內部審計方面的地方性法規草案、政府規章草案；對屬於市審計機關審計監督對象的單位的內部審計工作進行業務指導和監督；組織開展內部審計人員培訓工作。
機關黨委 負責機關及所屬單位的黨群工作。
機關工會 負責機關及所屬單位的工會工作。
離退休幹部處 負責機關及所屬單位離退休人員的管理與服務工作。
監察處（派駐） 負責本機關紀檢、監察工作。
審計項目復核處 組織開展審計事項復核，實施審計項目質量考核，核查社會審計機構對於依法屬於審計監督對象的單位出具的相關審計報告。
經濟責任審計辦公室（分局） 組織對本市局級領導幹部及依法屬於市審計局審計監督對象的其他單位主要負責人實施經濟責任審計;根據年度審計計劃安排，負責分管範圍內領導幹部的任期經濟責任審計；承擔市經濟責任審計工作聯席會議的有關工作；協調指導區縣審計局相關審計工作；開展相關專項審計調查。
財政審計處（分局） 組織審計市本級預算執行和其他財政收支情況 ;負責對市財政局、市地稅局和國家金庫北京市分庫的財政 預算執行情況和決算進行審計監督； 協調指導區縣審計局相關審計工作；開展相關專項審計調查。
行政事業審計處（分局） 組織對所分管的與市財政直接發生預算繳款、撥款關系的市級國家機關、政黨組織、社會團體及事業單位進行審計監督 ; 負責對 所分管的 市屬行政機關和事業單位的預算執行、決算和其他財政財務收支情況進行審計監督；協調指導區縣審計局相關審計工作；開展相關專項審計調查。
農業與資源環保審計處（分局） 組織對政府主管部門管理的和受政府委托由社會團體管理的農林水利、資源環保資金的籌集、管理、使用情況進行審計監督；負責審計分管部門預算執行、決算及其他財政財務收支；協調和指導區縣審計局相關審計工作；開展相關專項審計調查。
固定資產投資審計壹處（分局） 組織對市政府投資和以市政府投資為主的建設項目的審計監督；負責審計分管部門的預算執行、決算及其他財政財務收支 ; 協調指導區縣審計局相關審計工作；開展相關專項審計調查。
固定資產投資審計二處（分局） 組織對投資主體多元化建設工程的審計監督 ;負責審計分管部門的預算執行、決算及其他財政財務收支；協調指導區縣審計局相關審計工作；開展相關專項審計調查。
經貿審計處 （分局） 組織對國有企業和國有資產占控股地位的企業進行審計監督；負責審計分管部門預算執行、決算及其他財政財務收支，審計市屬國有企業集團財務收支；協調指導區縣審計局相關審計工作；開展相關專項審計調查。
社會保障審計處（分局） 組織對市政府主管部門、區縣政府管理和其他單位受市政府及其部門委托管理的社會保障基金、社會捐贈資金 和其他有關基金、資金進行審計監督 ;負責審計分管部門預算執行、決算及其他財政財務收支；協調指導區縣審計局相關審計工作；開展相關專項審計調查。
金融審計處 組織審計市屬國有金融機構和國務院規定的市級國有資本占控股或主導地位金融機構的財務收支；根據審計署授權，組織審計國際組織和外國政府援助、貸款項目的財務收支；組織開展相關專項審計調查； 協調指導區縣審計局相關審計工作；承辦市審計局交辦的其他工作。
第壹派出局 負責市經信委等部門及其所屬單位的預算執行審計；承辦市審計局交辦的其他審計事項。
第二派出局 負責市教委等部門及其所屬單位的預算執行審計；承辦市審計局交辦的其他審計事項。
第三派出局 負責市公安局等部門及其所屬單位的預算執行審計；承辦市審計局交辦的其他審計事項。
第四派出局 負責市民政局等部門及其所屬單位的預算執行審計；承辦市審計局交辦的其他審計事項。
第五派出局 負責市農委等部門及其所屬單位的預算執行審計；承辦市審計局交辦的其他審計事項。
第六派出局 負責市園林綠化局等部門及其所屬單位的預算執行審計；承辦市審計局交辦的其他審計事項。
第七派出局 負責市交通委等部門及其所屬單位的預算執行審計；承辦市審計局交辦的其他審計事項。
第八派出局 負責市文化局等部門及其所屬單位的預算執行審計；承辦市審計局交辦的其他審計事項。
宣傳教育中心 負責承擔本市審計宣傳的輔助性、事務性工作；承擔全市審計機關審計幹部教育培訓的具體實施工作；承擔中國審計報記者站工作；承擔審計科學成果推廣利用工作；承擔《北京審計》雜誌內部刊物的編輯、出版工作；承擔北京審計學會秘書處管理工作。
審計項目績效考評中心 承擔本局已完成的審計項目的目標、執行過程、產生的社會效應和影響的績效考評工作，為提高審計項目的決策和管理水平提供對策建議。
計算機中心 負責全局信息化建設的規劃、管理、組織、協調工作；全局計算機網絡建設與管理工作；審計數據庫建立與輔助審計軟件的開發、推廣、應用工作；計算機網絡及其他計算機軟硬件技術咨詢、維護與服務工作。
審計幹部培訓中心 為審計幹部提供各種業務培訓服務，承擔各種專業會議服務。
機關服務中心 對本局所屬房產改建、擴建及維護管理，為機關幹部職工辦公提供工作用餐、公務用車等後勤服務保障工作。