王昆侖的創辦《全民抗戰》三日刊
同年12月，南京淪陷。王昆侖隨國民黨政府的遷移，來到了武漢．第二年年初，他同沈鈞儒、鄒韜奮、陶行知等聯名發起創辦《全民抗戰》三日刊，特別是為徐州突圍和武漢保衛戰編寫了不少宣傳、鼓動文章。8月，他同抗戰中從事婦女、兒童工作的曹孟君女士結婚．10月，武漢三鎮淪陷．他又從武漢到了重慶，在重慶，王昆侖除繼續擔任原職外，還兼任了中山文化教育館總幹事，中蘇文化協會常務理事等職，並同侯外廬、翦伯贊等主編了《中蘇文化》雜誌。他以自己的合法身份、社會交往和歷史關系，為爭取和團結國民黨上層人士和其他愛國民主分子，為掩護和營救被捕的中***地下黨員以及進步青中做了大量工作．1941年“皖南事變”後，王昆侖在中***代表周恩來的支持下，與王炳南、屈武等在重慶發起組織“中國民主革命同盟”（簡稱“小民革”），在國民黨內部堅決主張抗戰到底，反對倒退，反對分裂。1943年，他又與潭平山等發起組織“三民主義同誌聯合會”，積極進行抗日民主活動。
1945年5月5日至21日，國民黨第六次全國代表大會在重慶復興關（現名浮圖關）舉行．會上，王昆侖揭露了國民黨頑固派勾結日偽，制造分裂，策劃內戰的陰謀，引起了很大的震動，蔣介石很惱火，立即把他的名字從候補中央執行委員候選人的名單中勾去。同年8月28日，毛澤東、周恩來、王若飛、秦邦憲等代表中***中央赴重慶同國民黨談判。王昆侖等組織中蘇文化協會成員熱烈歡迎。8月31日，毛澤東還專門會見並宴請了柳亞子和王昆侖，就時局同他們交換了意見。