神道教的分支
9世紀初至明治維新以前，日本佛教極為盛行，神道教由於沒有嚴密的教義體系和完備的組織，壹時成為佛教的附庸。佛教把本地垂跡說應用到對神道教所奉之神的解釋方面，謂佛或菩薩是本或本地，而日本神道教的諸神是佛或菩薩為應機說法而顯現的化身（或分身），稱為垂跡；有時也把日本諸神作為佛教的護法神。在這種理論指導下，先後形成兩部神道和天臺神道等。 日本進入鐮倉幕府時期(1192～1333)以後，確立了以封建領主經濟為基礎的武士統治體制。宗教界舊有的佛教宗派如天臺宗、真言宗等日見衰微，而新成立的凈土宗、真宗、日蓮宗以及新從中國傳入的臨濟宗、曹洞宗正在迅速傳播，在神道界也出現了反對佛教的神道學派，其中影響大的有：
①伊勢神道。14世紀由伊勢神宮外宮祠官度會行忠、度會常昌等創立，故亦稱外宮神道或度會神道。否認本地垂跡說，提出系統的以神道為主體，以儒、佛、道為從屬的神道理論。認為宇宙的本原神是國常立尊，其創造萬物的神妙作用稱做天禦中主神，二神***為壹體。宇宙本原神具有五行之首的水德，而伊勢外宮所奉的豐受大神是水神和食物神，與天禦中主神也是同體；伊勢內宮所奉的天照大神是日神，具有火德，與豐受大神互相依存；並強調神皇壹體思想，認為“大日本者，神胤也。……神者君之內證，垂慈悲而同塵；君者神之外用，昭儉約而治國”。他們還註重封建道德的宣傳。主要文獻是《神道五部書》。
②吉田神道。由室町時期文明年間(1469～1487)京都吉田神社的祠官吉田（祖姓蔔部）兼俱創立，也稱蔔部神道、唯壹神道（謂日本自古唯有神道，“純壹無雜”）。反對“佛主神從”的神道學說，認為宇宙的根本神是太元尊神，《日本書紀》中稱之為國常立尊，它是萬物的本體；不是神為佛的化身，而是佛為神的化身；神道是安人心，防鬼神之道；人心有喜、怒、哀、樂、愛、惡、欲七個機能，人身有生、長、病、老、死五種機能，而要使這些機能表現正常，就應作“內外清凈”的修行。自稱所創神道是無本宗源神道、大日該國固有之神道。主要文獻是《神道大意》、《唯壹神道名法要集》。
神儒調合的神道學派
江戶時期(1603～1867)，儒學從佛教中獨立出來並得到迅速發展，壹些神道學者吸收儒學的理論，特別是其中的朱熹理學，創立了神儒調合的神道學派，其中影響較大的有：
①吉川神道。亦稱理學神道。創立人吉川惟足先從伊勢外宮祠官度會延佳學度會神道，又從吉田兼從學吉田神道，並吸收朱熹理學而建成。認為朱熹理學中的太極即日本的國常立尊。壹切神即為太極的具體表現。把壹般神社神道稱為行法神道並予以批評，稱自己的神道為治天下的神道，推崇儒家倫理，特別強調君臣之道，謂人倫之道以君臣之道為最高，以此忠道貫於夫婦、父子、兄弟、朋友之道，而“君臣之道，萬古不易”。五行中土是萬物之母，金是五行中最重要的，就人心講它是義，是“敬之用”；敬義壹體，此為人倫道德的根本。主要文獻有《神代大意講談》、《神道大意註》、《日本神道學則》、《神代卷惟足抄》等。
②垂加神道。山崎？齋創立。齋名嘉，字敬義，?齋是號，幼曾出家為僧，後習朱子學，還俗為儒，晚年從度會延佳和吉川惟足學神道，把朱熹理學與神道教結合起來創立垂加神道。垂加兩字取自吉川惟足所授垂加靈社之號，原出自度會神道的經典《倭姬命世紀》：“神垂以祈禱為先。冥加以正直為本”?齋常以“神垂祈禱、冥加正直”為座右銘。其神道學說主張“道即大日孁貴之道，教則猿田彥神之教”，猿田彥神即迎天孫下治人間之神；並以朱熹的理氣說和五行說解釋神世列代的神話，以陰陽五行配天神七代；鼓吹尊皇忠君，大義名分，宣傳以日本為世界中心的神國思想。主要文獻有《神代卷風葉集》、《中臣祓風水草》、《垂加草》等。
從江戶時期元祿年間(1688～1703)到明治維新，由國學者荷田春滿倡導，中經賀茂真淵、本居宣長至平田篤胤完成復古神道的學說體系，反對神道教依附於佛教或儒教，反對用儒佛思想解釋日本古典和神道，主張依據日本經典《古事記》、《日本書紀》等來探明日本神道教的本義。認為宇宙萬物的創造神是天禦中主神，世界分為顯（現世）、幽（死後世界）兩界，現實世界由天照大神的子孫天皇統治，而死後的世界由大國主命統治。人死後要在幽界接受審判。根據生前的不同行為得到不同的結果；為善成神者將長生不死。認為倫理綱常中孝道最重要，廣義的孝包括孝父母、敬神和忠於天皇。鼓吹日本民族是天照大神的後裔，當統治世界，其國體皇位尊嚴無上。其思想對明治維新王政復古有很大影響，也是近代神社神道的主要理論依據。主要文獻有荷田春滿的《創學校啟》，本居宣長的《直毗靈》、《玉?百首》、《百事記傳》，平田篤胤的《古道大意》、《俗神道大意》等。