火影340
為了得知曉的情報，及追尋佐助的下落，木葉決定鎖定以宇智波鼬為目標的追捕計劃，而鳴人的大和班和卡卡西新領的第八班壹起聯手行動。途中鳴人的影分身曾壹度遇上宇智波鼬，鼬當時亦有話希望跟鳴人說，可惜卻因為鳴人的沖動打斷了話題。但鼬臨走前卻賦予了鳴人神秘的力量，並說在必要時才用此力量等等。後眾人對上了『曉』的宇智波班，鳴人的螺旋丸、誌乃的蟲玉及牙的通牙之術均對其無效；就在此時，『曉』的絕前來匯報佐助與鼬的戰果，佐助的勝利及戰後受重創使鳴人感驚愕及擔心，並曾指罵絕是『蘆薈』、要他說出佐助在那裏。收到情報的班不再戀戰，及絕壹起前往戰場把鼬的屍體及佐助帶走。鳴人們急步追趕，雖找出戰場位置，但早已人去樓空了……
佩恩襲擊木葉篇
再次尋找佐助的蹤影失敗後，回到木葉，卻驚聞自來也被佩恩殺害的噩耗。為此曾壹度悲傷的他，因為伊魯卡老師和鹿丸的鼓勵，而再度重新振作起來，並協助解開自來也臨終前留下的暗號；可惜的是仍然沒有頭緒。為了替自來也報仇，他決定接受深作大人的提議，前往自來也曾修行的妙木山，作艱苦的‘仙術’訓練。訓練期間，鳴人險變青蛙，幸得深作大人用術阻止，不過鳴人卻整身是傷。經過壹番修行，鳴人總算是基本掌握了自然力量，故深作大人建議轉為不用蛤蟆油的練習，同時也給了鳴人自來也的遺作──‘百煉忍傳’，之後深作在和鳴人進行融合訓練時被鳴人體內的九尾妖狐排斥。 另壹邊，木葉村正受到佩恩的摧毀，身為五代火影的綱手，在叫回鳴人的同時也通過蛞蝓展開了對村子的救助。卡卡西與天道佩恩力戰不敵，過度使用神威（為救丁次）後因查克拉使用過度後最後死去……在木葉村被佩恩毀滅的那壹刻，島仙人使用通靈之術同時將仙人鳴人和深作、蛤蟆文太、蛤蟆健和蛤蟆廣召喚到木葉，鳴人巧用兩個影分身補充仙術力量，使出了新術－超大玉螺旋丸、青蛙戰法、可投擲至目標的‘風遁·螺旋手裏劍’及‘螺旋連丸’等，先後把‘修羅道’、‘人間道’、‘畜生道’、‘地獄道’擊斃。但力量始終不及‘天道’，‘天道’先後使出‘神羅天征’和“萬象天引”打敗鳴人並殺死深作。鳴人質問‘天道’為何要這樣做，而‘天道’也向鳴人透露自己的目的……雛田為了救援鳴人而被‘天道’重傷，鳴人壹怒之下爆發九尾的力量，並露出第六條尾巴，及顯現出九尾的骨骼。天道的絕技‘神羅天征’及‘萬象天引’對鳴人完全無效，不得不逃到村子外，暗中使出了他的隱藏絕技‘地爆天星’。 面對禁術‘地爆天星’，鳴人爆發出八條尾巴，正當鳴人要露出第九條尾巴時(把封印九尾的符咒撕掉)，四代目火影突然出現在鳴人的意識中並阻止鳴人，鳴人知道自己是四代目的兒子後，情緒激動。四代目相信鳴人壹定能夠守護木葉，幫鳴人把封印修復，九尾瞬間消失，鳴人變回了仙人模式，壹番苦戰終用螺旋丸擊敗天道。 鳴人找到長門真身的所在地。壹番對話後長門被感動了，並相信了鳴人，用禁術救活了全村的人（包括卡卡西在內），小南帶著長門和天道（彌彥）回到雨忍村。與此同時，恢復了的佐助帶領“鷹”小隊準備向木葉進發。疲憊的鳴人回到了木葉受到了村民的歡呼。與此同時火之國緊急會議召開，由於綱手查克拉使用過度昏迷不醒，火之國大名決定選舉新的火影，最終團藏成為六代目火影。絕將佩恩戰敗的消息告訴了斑。
佐助與五影對戰篇
佐助與雷影遭遇，各方實力不相上下，佐助重傷。雷影使用最後絕招，但被佐助擋了下來（用的是天照，佐助可以使天照進行形態變化），雷影失去左臂。鳴人，卡卡西，大和與斑遭遇，斑告訴了鳴人佐助的忍道（不願放下憎恨）和鼬的故事，承認自己是斑，鳴人很痛苦。佐井代鳴人向小櫻表白，鹿丸告訴小櫻不行的話幹掉佐助（因該是勸解沒用的時候吧），小櫻同意。同時，在佐助與雷影那邊，我愛羅出場，勘九郎和她姐姐也來了。我愛羅想勸佐助，佐助說他已無法回頭，我愛羅哭了（汗！）。三人和雷影那邊的人與佐助展開對戰，佐助使用超S級無敵忍術“須佐能乎”，香菱發現火影（團藏），佐助去找團藏了。團藏逃走（還沒說，他有寫輪眼），佐助繼續追，被水影攔住，開始戰鬥，隨後土影也加入進來，佐助昏倒。斑出現，向五影（貌似團藏不在）透露了“月之眼計劃”：除九尾外，還存在九尾集合體十尾！六道仙人存在過，還留下石碑，六道仙人是十尾人柱力，死時把十尾分成九個，還有壹個成就了月球（不是人幹的事啊......），斑想要恢復實體，奪走佐助的眼睛，控制月球，從而統治整個忍者世界（通過月球使用超強幻術，把人類思想控制）。斑對五影宣布第四次忍者大戰爆發，鳴人和五影，能夠阻止此戰的發生嗎？！