《金枝欲孽2》結局是怎樣的？
秋玹向祿喜查問流斐的咳癥狀況，知他情況嚴重，可能是早前被打傷後傷及肺腑，又怕被主子知道，不求醫成內傷。消息很快傳開，爾荷怕湘菱知道流斐的傷勢，可能令二人再度在壹起，於是命爾荷不要告之湘菱。此時爾荷已明白到，如妃矛盾作決定原因何在。可是祿喜已另外通知湘菱此消息，湘菱瞬即想出更多計劃。梓軒壹方面慨嘆，湘菱經歷種種後又走回舊路以謠言買賣，另壹方面也感自己有負所托愧對五阿哥。湘菱為了達成目的，雖與巴察再無夫妻情意，仍與他合作買賣，但巴察卻提出新要求，指要以勸木都兒答應與新滿對食為交換條件。
宛琇召見吉海追問關於他與木都兒間的事，宛琇雖然相信吉海無意，但木都兒始終是花樣年華，擔心很大可能她已對吉海芳心暗許。宛琇警戒吉海，雖然有能力可以開口平反，但關鍵反而是他如何與木都兒劃清界線。
梓軒與吉海又再飲酒互訴煩事，兩人都猜不透女人心事。木都兒找吉海，想告知他不再追究新滿欺負他壹事，仍把他視作難得的好友。吉海見木都兒低頭看井口，竟有打算把她推下去的想法……流斐得知秋玹不讓妻子見鞠笙，鞠笙亦後悔到了京城，才令戲班今非昔別。秋玹向南夢說出實情，映琴雖已引出腹中死胎及時保命，但心病難以醫治。南夢視師母為親母，亦深感悲痛。
吉海夜間沈思時，發現天象有異，追隨著墜下的流星，卻被侍衛以為他私偷出宮而受困。新滿名正言順毒打吉海，發現他身上藏有木都兒八字，對他的嫉妒更盛。湘菱受天雨所阻，又再遇流斐在雨中送上紙傘。二人再遇再談，但已非昔日情意綿綿的情話。湘菱追問他是否對木都兒壹往情深，流斐只嘆惜與心上人緣分淺薄，再次與湘菱決別。看見流斐所為，令湘菱已對他完全死心。祿喜送流斐離宮，流斐離別時明言已知他受如妃所托監視自己，仍鼓勵他別再做他人棋子。
湘菱在如妃面前繼續壹臉愁容，誘使她跌進圈套。湘菱解釋月老之音只有如妃聽到，其實應是流斐故意所為。湘菱解釋只因在與流斐相聚期間，不斷向他講述如妃種種事跡，已令流斐轉把感情改投到如妃身上。湘菱更指因埋怨流斐的不忠，才逼使流斐與她決絕。如妃聽到未敢相信，壹直觀察二人關系不似有異，可是湘菱道出因妒嫉如妃才遲遲沒有開口相告，又向如妃透露流斐受襲傷勢嚴重，希望引到如妃派梓軒出宮為流斐治理。宛琇探望吉海，要他答應長伴自己。吉海明白她的真心，但卻說出自己討好主子只為翻案，怕只會有負宛琇，亦不想連累到她。流斐求見秋玹，希望他面對湘菱能高擡貴手，讓她免受更多折磨。秋玹見流斐為了壹名女子低聲下氣去求最大的宿敵，相信他對湘菱是真心。
新滿追問木都兒為何把八字交給吉海，木都兒堅稱不會下嫁新滿。新滿壹怒之下竟對木都兒動粗施壓，但見她淚如雨下，只好停手放她離開。新滿將壹腔怒火投向吉海，持刀闖進囚室，打算殺吉海，再宣稱他越獄而正法……梓軒訪精忠廟，稱受如妃之命到為流斐看診，梓軒斷癥後發現流斐曾胸骨受傷
如妃和湘菱在後宮內互相感嘆之際，芊蕊突然通報有暴民闖入宮，促她們趕到永壽宮暫避。此為史上的酉癸之變，天理教趁嘉慶不在宮中率領推翻清廷，更由東華門強勢殺入。吉海受辛者庫同僚相救，壹眾人逃到宮門，本來正是大好機會離開紫禁城，可是吉海見到暴民手持女子衣物又再折返。如妃與壹眾後妃在永壽宮集合，唯獨不見宛琇。恭太妃指她心情不佳，早上出門後未返。如妃鎮定地調配各守衛、人力後，便出去找宛琇，湘菱亦陪同作照應。秋玹早與爾荷相約在翠雲館見面，但受到民變影響未能依時赴會。
當秋玹到達翠雲館時，發現爾荷因折返潄芳齋找他而受襲。爾荷在身受重傷下表明心跡，又把珠釵交給秋玹，要他有事可找如妃求助。佑香在暴亂下找到宛琇勸她離開，兩人險被流箭射中，幸得吉海及時相救。宛琇見發現吉海亦受傷，卻仍去儲秀宮救木都兒，已知吉海把木都兒放在更重要位置。
新滿受吉海及辛者庫人打昏，醒來後發現後宮已變天，在兵荒馬亂之際找木都兒，正要去追上她之際，竟被祿喜從後突襲，只能目送她隨侍衛離開。如妃與湘菱終於找到宛琇和佑香，湘菱見回永壽宮路上充滿暴民，建議到神武門離開皇宮，亦可以出宮去看流斐情況。可是宛琇不肯走，原來失去吉海後，宛琇感到已無人再在乎自己，更認為如妃只為家族聲譽出來救她。如妃只有說出實情，自己為保全宛琇已幾乎犧牲所有無辜的人……
湘菱為保護如妃中箭受傷，如妃急忙以繡了《蔔算子》辭牌的絲帕為她包紮。湘菱舍身相救令她感動不已，說出了壹直暗中擺布湘菱和流斐間的戀情。湘菱沒料到如妃會向她自白，但仍按原定計劃，促如妃出宮見流斐最後壹面。
兩人趕到宮門，廣場正展開激烈廝殺，只好留在大門後伺機。秋玹亦逃命至此，如妃驚見他手上竟有爾荷的珠釵，才知道他和爾荷原來早已暗有往來。湘菱安慰如妃，因她曾嘆奪去爾荷體會愛情的機會，現在爾荷總算能找到心愛的人，亦未嘗不是好事。如妃後悔與爾荷爭執時，指她因未體會過而不明白當中因由，其實不明白的可能是自己。如妃從來都不相信流斐心儀自己的，因為她清楚流斐七夕要犯險去見湘菱便可證明，而且流斐亦知巴察已送休書，明白到湘菱即將成為棄婦。連秋玹也說過，以流斐恃才傲物的個性，竟肯為了湘菱的命途而去低頭求自己，是為了保護她，所以七夕後才故作忍心無情讓她死心。
聽到種種真相，湘菱才醒悟自己作出了非常錯誤的決定，打算去阻止事情的發生。她更說出加害流斐，是為了讓如妃生不如死。湘菱認為在她本人、如妃與流斐之間的這段關系上，只有流斐沒有對自己籌謀過，不值得受到殘忍對待。湘菱不顧兵臨城下的危險，冒死要趕離宮外，不料被流箭射中。如妃亦隨後緊追上去，也被人推倒昏迷……
如妃悠然醒來，發現已身處在暢音閣，正在看臺上戲曲。如妃發現身上衣物可證已非初夏，而已是嚴冬之時。侍女丁娘在身邊侍候，告知如妃小休片刻只是錯過了壹節戲而已。如妃感到自己做了壹場大夢，而天理教的動亂已過五年，自己繼續留在宮中乃是天意。如妃懷想過去種種，覺得見到人間有情，總算是令人欣羨。
忽然壹只烏鴉飛來帶走了如妃那刺上辭牌的心愛絲帕，如妃隨即聽到夢中的月老笛音，為此深感困惑。壹時間又有靈感，知故人孔武正在入宮，於是趕到宮門前，無奈城門正在關上，只見孔武正在策馬而來。如妃再次睜開雙眼，芊蕊和梓軒正伴在身邊。如妃已弄不清哪裏才是夢內世界，於是離開房間跑出皇宮中，只見煙火狼藉，死傷遍地。如妃這刻突醒悟正受天理教暴亂所襲，更不禁關心到湘菱中箭後的情況……
天理教之亂平息過去，外學名伶抽身離開，後宮壹切歸於平靜，紫禁城紅墻之內繼續禁宮深鎖。如妃下了壹項重大決定，要整座紫禁城都壹同撒壹個天大的謊話。(全劇終)