在南京向日軍投降的是國軍那支部隊
參戰的日本軍隊序列
南京保衛戰期間，蔣介石所在的武漢大本營對南京的戰況也極為關註，每日均有詢問及指示的電報，當蔣介石發現撤至南京部隊的戰鬥力及士氣已遠不如淞滬作戰，南京外圍主陣地帶僅防守兩三天即告失守，而復廓陣地立足未穩即在主要方向上又被敵突破、迫逼城垣時深感形勢嚴峻；當得知當塗附近已有日軍渡江時，更感局勢危急。為避免南京守軍被敵圍殲，蔣介石於11日中午考慮令南京守軍撤退，遂令時在江北的顧祝同以電話轉告南京衛戍司令唐生智。顧要唐當晚渡江北上，令守軍相機突圍。唐生智由於自己曾力主固守，若突然先行撤走，怕今後責任難負，因而要求必須先向守軍將領傳達清楚最高統帥的意圖後方能撤離。當晚，蔣介石致電唐生智：“如情勢不能久持時，可相機撤退，以圖整理而期反攻。”唐生智於當夜與羅卓英、劉興兩副司令長官及周參謀長研究後，決定於14日夜開始撤退。遂於12日淩晨2時許召集參謀人員制訂撤退計劃及命令。[7]
民國二十六年（1937年）12月12日，唐生智下達突圍、撤退命令，中國軍隊的抵抗就此瓦解。[2]
是日，日軍第六師團先頭部隊長谷川部隊在南京中華門外準備總攻擊的壹刻。
日軍5個師團對南京復廓陣地及城垣發動猛攻。中午前後，在日軍猛烈炮火轟擊下，日軍攻破中華門，防守此處的第88師遂即撤走，南京失陷已成定局。當時大批逃難居民與潰退的散兵擁擠在街道上，城中秩序開始陷於混亂。南京守軍已開始呈動搖態勢。唐生智等決定改在當夜撤退。12月12日17時，衛戍司令部召集南京守軍中師以上將領開會，布置撤退行動。唐生智出示蔣介石命守軍相繼撤退的電令（蔣介石曾在12月11日致電守軍司令唐生智：“如情勢不能久持時，可相機撤退。”），即由參謀長周斕分發了參謀處已油印好的撤退命令及突圍計劃。
本來南京國軍司令唐生智在戰前為了表示破釜沈舟的決心，並沒有控制船只。但是唐生智突然在12月12日下令陣前撤退，從後面的結果來看，其所制訂的撤退計劃毫無可行性可言，並且根本就沒有安排撤退船只，並且在撤退安排上帶有很大的隨機性，甚至也沒有人通知擔任督戰任務的第36師。結果第36師為了阻止國軍各部隊撤退，雙方還發生了交火。馬嘶人喊，人員嘈雜，傷兵勉強拄著棍子也跟在後面。碼頭上的人如同熱鍋上的螞蟻，就是沒有船。幸虧第74軍司令俞濟時有路子找了1艘小火輪1次可以裝300多人，經過12日1夜的忙活拉走了第74軍的5000多人（後又有2000人歸隊），第88師第264旅的輜重營在下關控制著壹批木船把第88師搶運出去2000多人，教導總隊突圍4000人，第36師突圍3000-4000人（南京大屠殺60年祭專輯給出的國軍突圍撤退的數字是32144人）。[7]
潰敗
長谷川部隊在南京中華門外準備總攻擊(6張)
需要指出的是部分國軍將領的提前逃跑更加重了撤退的混亂。
自行決定由下關渡江的軍、師長大多未按命令規定的時間開始撤退，而是在散會後立即部署部隊撤退。有的單位在接到命令前即已撤走。如衛戍司令部第2軍團負責固守烏龍山要塞以掩護其他部隊撤退和突圍，應最後撤退，但徐源泉於12日下午即率其第41師和第48師從周家沙和黃泥蕩碼頭乘坐其預先控制於該處的民船最早渡至江北，經安徽去江西整頓。烏龍山要塞部隊在徐源泉部撤走後，也於當晚毀炮撤去江北。有的將領只向所屬部隊打撤退電話，或回去安排壹下撤退事宜就脫離部隊，先行到達下關，隨同衛戍司令部及第36師乘渡船先到江北。如71軍軍長王敬久、該軍第87師師長沈發藻等根本未回指揮所；教導總隊隊長桂永清回到富貴山地下室指揮所後告知幕僚撤退任務，即留參謀長邱清泉處理文件等，自己單獨先去下關；其第2旅旅長胡啟儒得知撤退消息較早，不等會議結束，即以奉命去下關與第36師聯系為由，電話通知其第3團團長代行旅長職責，獨自先去下關。
由於城中各部隊多沿中山路向下關撤退，而挹江門左右兩門洞已經堵塞，僅中間壹門可以通行，各部爭先掄過，互不相讓，不少人因擠倒而被踩死。如教導總隊第1旅第2團團長謝承瑞，在光華門陣地上曾英勇地抗擊日軍多次沖擊，卻在挹江門門洞內被擁擠的人群踩死。有的將領，如第83軍第156師師長李江見城門無法擠過，就從門東側用綁腿布懸吊下城出走。
下關情況更為混亂，各部隊均已失去掌握，各自爭先搶渡。由於船少人多，有的船因超載而沈沒。大部官兵無船可乘，紛紛拆取門板等物制造木筏渡江，其中有些人因水勢洶湧、不善駕馭而喪生。因烏龍山要塞守軍撤走，原停泊於草鞋峽、三臺洞（燕子磯南）的“文天祥”魚雷快艇中隊（4艘）也於12日夜馳去大通，12月13日拂曉，日軍山田支隊未經戰鬥即占領了烏龍山；日海軍艦艇通過封鎖線到達下關江面，日軍第16師團壹部亦乘舟艇進至八卦洲附近江面。大量正在渡江的中國軍隊官兵被日海軍及第16師團的火力和艦艇的沖撞所殺傷。憲兵代司令蕭山令（唐生智撤退後由蕭山令代理國家憲兵司令壹職）指揮未渡憲兵，輾轉沖殺，終以彈盡援絕，力竭陣亡，以自己的義舉，實現了“誓與南京***存亡”的諾言。日軍攻陷南京之後，在南京城區及郊區對平民和戰俘進行的長達6個星期的大規模屠殺、搶掠、強奸等戰爭罪行。
與此同時，日軍各師已分由中山門、光華門、中華門、水西門等處進入南京城內；原在鎮江的天谷支隊已渡過長江，正向揚州前進中；國崎支隊已至江浦，正向浦口前進中。已渡至江北的中國軍隊沿津浦路向徐州方向撤退。
12月14日，根據中國大本營的指示，唐生智在臨淮關宣布南京衛戍司令長官部撤銷，撤至江北的衛戍軍部隊改隸第三戰區。南京保衛戰基本結束。[8]