illumina測序原理
lane是測序反應的平行泳道，是試劑添加、洗脫等過程的發生位置。
每壹個lane裏最小的單位叫做壹個tile，每個tile會種下不同的cluster，每個tile在壹次循環中會拍照4次（每個堿基壹次）。
測序的結果就叫做壹個reads，對雙端測序來說，5'端reads叫reads1，3'端reads叫reads2。
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樣品準備就是在DNA fragments（片段）的末端添加adaptors（接頭）。超聲波將DNA分子打斷成300-800bp長序列片段（人類基因組打成300-500bp），用酶補平為平末端，然後3‘端加壹個A堿基（因為接頭的3‘端有壹個突出的T），再在兩端加上互補配對的adapter，再通過PCR擴增達到壹定濃度，構成單鏈DNA文庫。
每壹個lane固定了兩種不同的oligos（寡聚核苷酸引物）（垂直於lane），測序時，兩種oligos中的壹種和fragment上的adaptor互補結合，如下圖所示：
再之後雙鏈分子變性，原始模板（左）被洗去，右邊鏈通過bridge PCR進行擴增。隨後不斷擴增，生成數百萬個cluster，如下圖：
測序從第壹個測序引物primer的延伸開始，生成第壹個read（讀段）。每壹個核苷酸都帶有熒光標記。四種核苷酸帶有四個不同的熒光標記，發射出特征性的熒光信號，這個專有過程叫sequencing-by-synthesis.循環結束後，生成的read product被沖掉，在生成下壹個read。整個過程生成數百萬個reads，代表所有的fragment。
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這個視頻的21分有講雙端測序的過程，自己寫的過程裏沒提到第二條鏈怎麽生成的。
測序後生成的文件為fastq格式，每4行為壹個read，read第1行：空格左邊（從紅色的1開始）為ID信息，DJG8....為測序儀信息，後邊數字代表是測序儀運行的第272次。空格右邊為barcode信息，用於區分樣品。第2行為測序結果序列信息。第4行為堿基質量值。