曲阜師範大學的學術研究
截至2013年9月，曲阜師範大學下設28個研究所，建有省級高等學校協同創新中心1個，省級工程技術中心1個，省級重點實驗室7個，其中山東省“十二五”高校重點實驗室5個。學校是國家體育總局體育社會科學重點研究基地，有省級研究基地6個，其中有山東省“十二五”高校人文社會科學研究基地2個。
省級重點實驗室
激光偏光與信息技術實驗室、生命有機分析實驗室、南四湖濕地生態與環境保護實驗室（強化）、智能控制技術實驗室（強化）、信息功能材料與光電技術實驗室、綠色天然產物及醫藥中間體開發實驗室、體適能監測與調控實驗室。
省級高等學校協同創新中心
孔子與山東文化強省戰略協同創新中心。
省級工程技術中心
激光偏光工程技術研究中心。
省級人文社會科學研究基地
山東省體育人文科學研究基地、山東省馬克思主義中國化研究基地、山東省儒學研究基地、山東省中西語言文化交流研究基地、孔子與傳統文化研究中心（強化）、外國語言文化語翻譯研究中心（強化）。 館藏資源 據2014年9月學校圖書館數據顯示，兩校區圖書館館藏紙質文獻62萬種、3653210冊，中外文大型數據庫平臺52個，院所資料室藏書80余萬冊，生均文獻量超過105冊，另有大量的多媒體文獻；數字資源量不斷取得穩步增長，電子圖書超過200萬冊。 學術期刊 《曲阜師範大學學報》在1995年國家教委科技司組織的評比中獲全國高等學校優秀學報三等獎，在1996年山東省科技期刊評估中被評為良好期刊，被美國《數學評論（MR）》、德國《數學文摘（Zbl Math）》、美國《現代數學出版物（CMP）》等國外著名數學檢索刊物和《中國數學文摘》及其與互聯網聯通的《中國數學文獻數據庫》、《中國物理文摘》及其《中國物理學文獻數據庫》、《中國無機分析化學文摘》、《中國學術期刊（光盤版）》等大型國內檢索系統所收錄；1999年1月起，學報加入中國科技信息所萬方數據網絡中心制作的“萬方數據（China Info）系統科技期刊群”，1999年10月，學報加入中國知識基礎設施（CNKI）中的中國期刊網。
《齊魯學刊》先後被評為山東省優秀期刊、全國中文核心期刊、中國人文社會科學核心期刊、中文社會科學引文索引（CSSCI）選用期刊、 全國百強社科學報、中國人文社科學報核心期刊、中國人文社會科學引文數據庫來源期刊、中國學術期刊綜合評價數據庫來源期刊，並數次入選美國R·R·BOWKER公司出版的國際權威性大型期刊介紹工具書《烏裏希國際期刊指南》。 截至2013年9月，曲阜師範大學有博士後流動站7個，博士學位壹級學科授權點5個，涵蓋31個二級學科博士點，另有單獨設立的博士二級學科授權點2個，有碩士學位壹級學科授權點22個，涵蓋114個二級學科碩士點，另有單獨設立的碩士二級學科授權點9個，還有碩士專業學位授權點10個。學校有山東省“十二五”重點學科18個，其中省級特色重點學科7個。
博士後流動站
數學、體育學、中國語言文學、歷史學、物理學。
博士學位壹級學科授權點
數學、體育學、中國語言文學、中國史、物理學、馬克思主義理論、統計學。
碩士學位壹級學科授權點
教育學、中國語言文學、馬克思主義理論、中國史、外國語言文學、心理學、美術學、音樂與舞蹈學、體育學、統計學、地理學、數學、物理學、電子科學與技術、化學、戲劇與影視學、計算機科學與技術、軟件工程、生物學、生態學、系統科學、控制科學與工程。
山東省“十二五”重點學科
運籌學與控制論（特色）、光學（特色）、專門史（特色）、外國語言學及應用語言學（特色）、中國古代文學（特色）、野生動植物保護與利用（特色）、應用數學（特色）、體育人文社會學、中***黨史、基礎數學、物理化學、理論物理、人文地理學、成人教育學、漢語國際教育、應用心理學、中國現當代文學、政治經濟學。 質量工程 截至2014年6月，曲阜師範大學有國家級特色專業6個，國家級專業綜合改革試點專業1個，省級品牌特色專業18個，省級精品課程35門，省級雙語示範課程1門，省級實驗教學示範中心4個。
國家級特色專業
漢語言文學、數學與應用數學、教育學、物理學、體育教育、歷史學。
國家級專業綜合改革試點專業
生物科學。
省級品牌特色專業
漢語言文學、歷史學、英語、教育學、數學與應用數學、統計學、物理學、光電信息科學與工程、化學、生物科學、體育教育、公***事業管理（體育）、教育技術學、地理科學、思想政治教育、自動化、網絡工程、工商管理。
省級實驗教學示範中心
生物學實驗教學示範中心、化學實驗教學示範中心、數字媒體與傳播技術實驗教學示範中心、物理實驗教學中心。
省級精品課程
基礎物理實驗、Visual FoxPro程序設計、思想道德修養與法律基礎、英語語言學概論、學習科學與教育技術、中華人民***和國史、法學概論、運籌學、Visual C++程序設計、古代漢語、教育心理學、物理教學論、學校體育學、中國古代史、軟件工程、Visual Basic程序設計、有機化學、物理化學、中國現當代文學、計算機輔助教育、信息化教學理論與方法、化學教學論、數學教學論、籃球、數學分析、體育管理學、網球、足球、社會調查研究方法、化學實驗教學研究、有機化學實驗、物理化學實驗、無機化學實驗、分析化學（含儀器分析）實驗、民法學。 教學成果 截至2013年9月，曲阜師範大學在第壹至四屆全國大學生數學競賽中連續獲得壹等獎，學生考研率壹直保持在30%以上，部分專業高達67%以上；英語專業八級通過率高達75%，高出全國平均通過率30余個百分點；法學專業司法考試通過率達到42%。2006年至2012年間，學校學生參加全國全省各類大賽獲獎1792項。2012年，教育部公布了度第二批國家級大學生創新創業訓練計劃項目名單，其中曲師大學生主持的項目35個，包括創新訓練項目27個，創業訓練項目8個，曲師大是教育部批準的山東省首批有資格立項國家級大學生創新創業項目的11所省屬高校之壹。 曲阜師範大學是國家首批公布的200所招收外國留學生的本科院校之壹，截至2013年9月，學校先後與韓國平澤大學、日本巖手大學、美國明尼蘇達大學、俄羅斯秋明國立大學、丹麥羅斯基勒大學、澳大利亞查爾斯·斯圖特大學、加拿大皇家大學等10多個國家47所高校建立了校際友好關系，在聯合辦學、教師和學生互派、文化學術交流等領域建立了廣泛而深入的合作。
2000年5月15日，依托曲阜師範大學孔子文化學院和山東省儒學研究基地，學校與中國孔子基金會及海外投資者聯合創辦了中外合作孔子文化大學。2012年9月20日，曲阜師範大學獨立承辦的韓國國立安東大學孔子學院成立。 在中國校友會2014中國大學排行榜中，曲阜師範大學排在第206位；在武書連2014中國大學排行榜中，曲阜師範大學排在第190位。
曲阜師範大學數學學科在2013年進行的全國學科評估中與華中科技大學等並列28位，在山東省列山東大學之後的第2位。