廈深鐵路的站點設置
廈深鐵路起於廈門北站，終到深圳北站，其中廈門北站至漳州站與龍廈鐵路***線***站。全線***設車站20個，其中客運站18個。從北到南依次為廈門北站、前場站、角美站、漳州站、洋奎站（預留）、漳浦站、雲霄站、詔安站、饒平站、潮汕站、潮陽站、普寧站、葵潭站、陸豐站、汕尾站、鲘門站、惠東站、惠州南站、深圳坪山站、深圳北站 。 廈門北站
廈門北站位於廈門集美區後溪鎮巖內村，是國家鐵路網規劃中“四縱四橫”沿海快速鐵路的壹個重要客運站，福廈、廈深及龍廈鐵路在此交會，使其成為東南沿海最大的綜合交通樞紐之壹。廈門北站還將建有長途客運站、城市軌道交通（地鐵）、城市快速公交BRT、公交車站及出租車停車場、社會車輛停車場、主要人流集疏廣場等配套設施，並與周邊的沈海高速公路、廈安高速公路、廈沙高速公路、廈蓉高速公路等對接，真正實現“零距離換乘”。
廈門北站建設面積109028平方米，總建築面積16.2萬平方米，建築總高度66.78米。站房高架候車廳跨度132米，長度220米，最高每小時聚集人數5000人，采用無站臺柱雨棚。站房布局采用“上進下出”格局，分為站層、站臺層、高架層三個層面。廈門北站建有約1萬平方米的主候車室、約1500平方米的團體候車室、約1500平方米的無障礙及母嬰候車室。站臺規模6臺12線，其中正線2條，到發線10條，站臺面10個。預測到2018年旅客發送量達600萬人次，開行旅客列車64對；2030年旅客發送量達1100萬人次，開行旅客列車93對。
廈門北站於2010年4月26日隨福廈鐵路壹並開通運營。2013年12月28日，廈深鐵路首發動車組開通。
漳州站
漳州站位於福建龍海市顏厝鎮洪塘村，距漳州市區約3公裏。漳州站是福建省重要的鐵路樞紐，廈深鐵路、龍廈鐵路在此交匯。現為客運壹等站，客運辦理旅客乘降及行李、包裹托運；貨運辦理整車、零擔貨物發到；不辦理危險貨物發到。隸屬南昌鐵路局漳州車務段管轄，建設時名稱為漳州南站，後更名為漳州站。
漳州站建築形態靈活借用閩南傳統的燕尾脊、深挑檐及騎樓等建築形式，著力體現閩南地域特色，並用現代的建築手法進行提煉升華。建築設計采用三層式上進下出，高架候車與線下出站的布局方式，站房從下到上為出站層、站臺層、進站層三層，建築總高度約45米。站場規模3臺14線，旅客站房規模達29800平方米，設計最高每小時聚集人數為4000人。設有基本站臺候車廳、母嬰候車及軍人、團體候車廳，候車廳分為南北兩個，中間部分開敞、明亮、通透。進站廣廳內設售票廳、咨詢臺、商業服務等窗口。貴賓候車設於站房北部，單獨出入口，配備專用停車場。進站層主要是候車廳和服務區，站臺上方為進站天橋。出站層設置地下出站廳、售票廳和行包用房。靠近站房處設有出租車及公交車停車場，在站場投影範圍以外設有地下停車場，供市民停車。
漳州站於2009年開工，2012年6月30日隨龍廈鐵路壹同開通運營，2014年增開始發/終到動車組列車。
潮汕站
潮汕站位於潮州市潮安區沙溪鎮，是廈深鐵路沿線大站之壹，地處潮汕三市的地理中心，距離潮州市區約12公裏，距揭陽市區約25公裏，距汕頭市區約28公裏，距揭陽潮汕機場約10公裏。潮州市的潮汕站是廈深鐵路沿線主要大型客運站，為客運壹等站。客運辦理旅客乘降及行李、包裹托運；貨運辦理專用線、專用鐵道整車貨物發到及整車路用貨物發到。
潮汕站站房綜合樓主體為地上壹層，建築面積10132.1平方米，最高每小時聚集人數2000人。采用雙站房布局，其中主站房面積7000平方米，位於潮州方向；次站房面積3000平方米，位於汕頭方向。南北站房通過旅客地道連通，兩側站房均設有候車大廳和售票廳，旅客可在南北兩側同時上車。潮汕站采用了具有濃郁的潮汕地方特色的斜屋面、虎頭墻內湖等設計元素。其中北站房候車廳屋面結構采用鋼網架，立面裝飾主要采用花崗石石材幕墻和玻璃幕墻，外觀厚重樸實。站臺規模4站臺10線，正線及到發線***10條，並設有有站臺雨篷，建築面積達到22930平方米 。
潮汕站還是廈深鐵路汕頭聯絡線的接軌站以及廣梅汕鐵路擴能改造工程的接軌站，將與周邊高等級公路以及揭陽潮汕國際機場壹並形成潮汕地區和梅州地區等的區域性綜合交通樞紐。潮州市潮汕站臨時汽車客運站也已於2015年1月25日啟用 。
潮汕站已於2013年12月28日隨廈深鐵路壹同開通運營。潮汕站的對接交通配套比較完善，開通了往潮汕地區各縣市專線班車和公交車***14條運營線路，旅客換乘比較方便。
汕尾站
汕尾站位於汕尾市城區東沖鎮北部（241省道汕可公路）。汕尾站是廈深鐵路沿線的主要客運站之壹，設有客運站和貨運站。客運站站房建築面積9996平方米，旅客站臺雨棚建築面積16898平方米，最高每小時聚集人數1200人。站場規模2臺7線，設基本站臺和中間站臺各1座，預留中間站臺1座，到發線7條，設旅客隧道2座，寬8米；貨場設貫通式貨物線1條，牽出線1條，加強保養點1個。預計貨物到發量2020年121萬噸，2030年166萬噸。
汕尾站已於2013年12月28日隨廈深鐵路壹同開通運營，未來還將引入廣汕鐵路、龍汕鐵路、深惠汕輕軌。
惠州南站
惠州南站位於惠州市惠陽區淡水街道愛民東路，是是為汕深港鐵路（廈深鐵路西段）廈深鐵路新建車站中規模最大的車站。惠州南站站房建築面積15000平方米，站房綜合樓為兩層建築，其結構獨立於車站站臺。壹樓為候車廳、檢票口、售票廳和出站口，二樓為候車廳和壹號站臺專用的檢票口。站臺規模3臺7線，其中正線2條，到發線5條，站臺為兩個島式站臺和壹個側式站臺，站臺面5個。北側的1號站臺連接站房二樓的2號檢票口及二樓出站通道。其余2、3、4、5號站臺設有多道扶梯、樓梯和電梯通往站臺地底的兩條人行地道（檢票及出站各壹條），連接至站房壹樓的1號檢票口及出站口。售票廳設有8個人工售票窗口及8臺自動售票機。
惠州南站已於2013年12月28日隨廈深鐵路壹同開通運營。現已開通對接惠州各地的公交線路12條，交通配套完善，旅客換乘較為方便。
深圳北站
深圳北站位於深圳龍華新區民治街道，距深圳市中心9.3公裏，距皇崗口岸12公裏。深圳北站是深圳鐵路“兩主三輔”客運格局中最為核心的車站，也是我國當前建設占地最多、建築面積最大、接駁功能最為齊全的特大型綜合交通樞紐，成為我國鐵路新型房站的標誌性工程。深圳北站是廣深港高速鐵路（京港客運專線南段）、深茂高速鐵路及廈深鐵路交匯點及客運樞紐站，同時也是深圳地鐵龍華線（原4號線）、環中線（原5號線）、6號線和深莞城際線的經停車站，並實現了廣深港、廈深等國鐵與地鐵龍華線、環中線、光明線壹站換乘，具備優越的通行條件。
整個工程分為三部分：高鐵站房、東廣場和西廣場，總用地面積約65萬平方米，采用“上進上出”的人流組織，是中國大陸唯壹采用“上進上出”方式的大型火車站。站房分為主站房和無站臺柱雨棚兩部分，建築總面積18.2萬平方米。其中房屋建築面積74573平方米，站前平臺34146平方米，主體屋面南北側懸挑4292平方米，無站臺柱雨棚68488平方米（鋼結構覆蓋面積）。主站房屋蓋部分東西長413米，南北寬208米，總高43.6米，投影面積約85000平方米。鋼結構最大跨度86米，最大懸挑63米，為國內外房建領域最大懸挑，總用鋼量約6.5萬噸。站房主體為大跨度異型鋼結構設計，采用國內外首創的結構體系，屋蓋為雙向雙層不規則截面桁架鋼結構，下部為鋼管砼柱與鋼砼樓板組合梁框架結構。車站分地面站臺層、高架夾層、高架候車層、商務預留層***四層。深圳北站建築結構形式美觀、新穎，使用的大量新材料、新工藝在國內尚屬首次。設計使用年限房屋結構按50年、耐久性按100年考慮。結構形式為大跨空間結構，結構安全等級壹級。抗震設防烈度七度，按八度采取相應抗震措施。基本風壓為0.9KN/㎡。車站***設有11個站臺20條股道，其中正線2條，到發線18條。站臺面20個，其中8號至15號站臺為跨境列車專用站臺。深圳北站還將開通深圳北-香港西九龍站的跨境城際列車，並將成為廣深港高速鐵路、武廣高速鐵路以及杭福深客運專線方向列車的起訖站，預計2020年旅客發送量將達到4450萬人次/年。
深圳北站於2007年動工興建，2011年12月26日正式投入運營。