EVA的背景資料
seele在南極找到了亞當夏娃，自己按照lilith的意思只挖出夏娃，為其套上拘束鎖，而讓亞當繼續被封著。seele成立人工進化研究所（空殼公司）對夏娃進行研究。碇唯主攻巨大生命體，而asuka父親研究復制人。他以自己為藍本，制出第壹薰，胎兒狀，無法生長，因為壹開始渚薰沒有小s2機關和靈魂，是之後才植入的。因為基路要趕時間，於是動用了巨額資金制造巨大生命體。un發現不對，便加以幹涉，派出葛城調查團，趕往發現地南極，同時接管研究，seele迫不得已，只能交出夏娃。但因為seele的人在un中也有壹定勢力，所以暗中在葛團中摻了自己的人，已知的有元渡，而團長葛城亦是seele派去的。同時，他們帶著lilith趕往南極。此時大s2機關已成，巨大生命體被造到12部，碇元渡不時匯報seele葛團的事，seele以lilith告知的沖擊日期，在前壹天叫碇元渡返回，以便失敗時，留下高級人才，15年後繼續。而基路為了親自監督，自己留下，以備不測。其他的seele成員在南極附近的其他地方待命。
2000年8月15日，此時葛城調查團正在商量動力問題及下個月十三號試驗的事情。葛成團長叫壹部分人將亞當挖出。而光之翼在adam身上就要展開，adam突然發現有12部巨大生命體和lilith在他身旁，就知道lilith要同化，於是召喚夏娃，以便自己和夏娃合體成神抵抗lilith。夏娃掙脫拘束鎖（第壹次爆炸）全力趕向亞當。不多久，亞當身上的光之翼展開，（第二次爆炸/第二次沖擊開始）。兩次爆炸間隙，葛城救出葛城美裏。光之巨人就是夏娃。九部巨大生命體按照seele的命令沖上去咬住光之翼組成生命之樹，進行同化儀式，lilith用隆基奴斯槍使亞當還原為大胚胎。夏娃趕到，lilith叫seele讓其余三部巨大生命體阻止夏娃的行動，夏娃瞬間殲滅三部巨大生命體，又沖上來破壞生命之樹，其中壹部巨大生命體又被夏娃幹掉，生命之樹遭破壞。lilith看見生命之樹已破壞，同時感應到亞當不想回歸，又想到人類發展得挺好，若執行回歸則又要從頭開始，終於收回了自己的反絕對領域，停止沖擊。此時正巧隕石襲來，擊中lilith，lilith身軀嚴重損壞，沖擊波使周圍的壹切物體停止活動。基路的脊椎也被傷及，但發現lilith心意已變，奮不顧身趕緊打電話叫seele成員過來處理。[壹定有隕石，不然un發布隕石消息，天文學家不可能沒有反應，血液不可能染紅整個南極，且十五年後仍未退去（見拿隆基奴斯之槍壹集）必定是隕石的化學成分與海水反應，生成密度不同的數量巨大的紅色液體，形成紅色死海，不發生對流。]seele趕到，將不省人事的lilith靈魂移到第壹渚薰體內（這就是為什麽說渚薰在這天誕生，但此渚薰非彼渚薰），為身軀毀壞嚴重的夏娃及時套上拘束鎖，將八部剩下的巨大生命體還原成大胚胎，加上亞當大胚胎及lilith全部運回，同時沒忘帶上lilith與夏娃被隕石炸出來的身體殘片。 在第二次沖擊失敗後，seele總結經驗，準備在15年後發動第三次沖擊。2001年，seele發動戰爭，以便在聯合國內擁有更大的權力，讓人工進化研究所保管部分重要東西（靈魂被分離的莉莉斯、開始自然生長的第壹渚薰、殘缺身軀的夏娃、只保留了夏娃的記憶），研究夏娃和莉莉斯，開發技術，模仿它們，制造更完善的巨大生命體，壹方面為12部第三次沖擊用的作準備，另壹方面為e計劃（仿制夏娃計劃）制造eva（eva為eve的異體），作為處理第二次沖擊失敗後殘留的巨大生命體之用，編制謊言，騙取經費（十分關鍵），掩人耳目，他們讓碇唯將夏娃改造成初號機。並且seele讓人在lilith頭上釘上印有seele標誌的面罩（seele把自己當成神了）。seele自己將亞當大胚胎帶回（另壹把隆搶棄在南極）。明日香父親因跟隨seele而離開了人工進化研究所，他用南極lilith身體的殘片，造出第二渚薰，將adam大胚胎中的亞當靈魂植入，封住記憶。seele用夏娃的殘片修復改善了八部巨大生命體其中的壹個，分離隆槍，將亞當身體內的s2機關植入（這個就是力天使），再將亞當身軀徹底還原成小胚胎，保證亞當的三部分分離，容易控制。seele命令碇唯制造小s2機關，準備給兩個渚薰使用，以防渚薰出意外而保不住兩個重要靈魂，seele打算在碇唯完成小s2機關後把第二渚薰送到人工進化研究所做s2機關植入手術，之後就讓渚薰呆在那兒，讓元渡秘密撫養兩個渚薰。當時seele對碇元渡是極其信任的，碇唯也在，seele就對人工進化研究所十分放心。雖然後來碇唯“死”了，但碇元渡卻主動提出要執行第三次沖擊，所以未讓seele起疑心，同時seele認為碇元渡知道的並不多。seele當然要封閉lilith和亞當的記憶，方法十分簡單：命令元渡給他們吃封閉記憶的藥。15年後seele準備這樣做：按照即定時間處理完“使徒”之後，待光之翼在夏娃身上展開，讓被控制的莉莉斯靈魂回歸身軀，使被控制的亞當靈魂、身軀及生命之果融入莉莉斯，莉莉斯變大，讓巨大生命體將夏娃強行拖入lilith體內，回收靈魂，莉莉斯的記憶能通過夏娃恢復，讓其重新造人，這便大告成功。seele將這壹計劃通過書面形式確定下來，這便是所謂的死海文書。後來seele沒想到碇元渡竟然自己有動作，這個計劃也不得不相應地作了變更。
2002年，唯和元渡結婚（01年時已生下碇真嗣）。冬月耕造為調查第二次沖擊而前往南極，碇元渡陪同，元渡將結婚壹事告訴冬月。為治好葛城美裏的失語癥，帶她隨船同去。聯合國則發表公報，將第二次沖擊所有事故全都推到質量極大的殞石撞擊南極。後來的教科書也按此編寫，並刪去了戰爭的部分。但由於某些原因，seele對內作了壹番號稱是真相的謊言：2015年人類的敵人——使徒將會出現，使徒的頭兒——亞當已在2000年被我們抓住，它們的目標就是亞當，當使徒與亞當接觸便會發生沖擊，eva是亞當的復制，所以也存在著eva與亞當接觸或eva與使徒接觸引發沖擊的可能性。元渡當然也在“對內”之列。但其實元渡通過碇唯什麽都知道。
2003年，碇元渡任研究所所長。冬月造訪於箱根的聯合國人工進化研究所，見到了源堂。冬月知道了壹部分南極事故的真相，質問元渡，被元渡搪塞。源堂為吸引冬月加入，帶他參觀人工進化研究所。冬月見到了研究magi的直子，後又見到了e計劃，很感興趣，加入。另壹面，碇唯越來越喜歡碇真嗣了，甚至讓真嗣玩起了開發至壹半的小s2機關。她了解到seele的計劃後（別忘了，碇唯是seele的人），打算阻止他們毀滅人類（很大程度上因為真嗣），她通過巨大生命體和s2機關的研究得知了成神之道，於是想讓亞當夏娃合體成莉莉斯的等同，即所謂實行成神之道，那麽即使seele使莉莉斯恢復，初號機也能和lilith對抗，則seele的計劃自然泡湯。於是想出了壹套方案。seele早晚會送來第二渚薰（亞當靈魂），然後先偷來亞當胚胎，再等沖擊當天seele派來力天使，在力天使融入lilith前讓初號機吞獲亞當的生命之果和獲得完整身軀，再加上已有的亞當身軀及亞當靈魂，則就能使亞當夏娃合並成與莉莉斯同等的地位。為了實現這壹計劃，唯打算將自己融入初號機，以便自己能與夏娃的靈魂商量，她從seele那兒得知第二次沖擊的失敗是由於亞當夏娃不同意回歸耽誤了時間而引起的，所以自己與夏娃***生的機會很大，同時順便能讓自己的兒子碇真嗣來駕駛，唯沒有再要出初號機的意思。唯曾將她的計劃說給元渡聽，但元渡被直子迷惑，未理睬，唯再將計劃說給冬月聽，冬月想了解真相又十分喜歡她，欣然接受。這年，碇唯的小s2機關研制成功，seele帶來第二渚薰，兩個小s2機關分別給第壹第二渚薰植入。