翁啟惠的學術榮譽

1986—1991年，年輕領袖研究發現獎，美國總統傑出青年化學獎〈Presidential Young Investigator in Chemistry〉。

1993年，美國化學協會Arthur C. Cope學術人員獎〈American Chemical Society A. C. Cope Scholar Award〉。

1994年，獲選為“中央研究院”第二十屆院士〈Academician, Academia Sinica, R. O. C.〉，國際碳水化合物獎〈The IUPAC International Carbohydrate Award〉。

1995年，Carbohydrate Division Wolfram Award

1996年，獲選為美國人文與科學學院會員〈Fellow, American Academy of Arts and Science〉。

1998年，Harrison Howe Award in Chemistry

1999年，Claude Hudson Award in Carbohydrate Chemistry，

2000年，國際酵素工程獎〈The International Enzyme Engineering Award〉，美國總統綠色化學獎〈The Presidential Green Chemistry Award〉

2002年4月30日，獲選為美國國家科學院院士（Member, The US National Academy of Sciences）。

2005年，American Chemical Society Award for Creative Work in Synthetic Organic Chemistry

2006年5月，被選為新壹任“中央研究院院長”。

2014年1月，獲得沃爾夫化學獎(Wolf Prize in Chemistry)。