馬尼拉人質事件的流血告終
19時21分，門多薩對電臺主持人威脅指警方若帶走格雷戈裏奧，會先殺死在車頭的人質（即領隊謝廷駿）；主持人羅加斯（Michael Rogas）要求他冷靜，並會把要求向警方轉達，隨即傳出槍聲及哭叫聲。此時，門多薩先射殺車門位置的謝廷駿，再走向前排的易小玲開槍，易中槍後壹直保持姿勢，合上兩眼坐在座位上裝死。傅卓仁及梁錦榮隨即撲向門多薩，傅卓仁推開槍嘴，大叫“唔好！（不要！）”槍手立即後退壹步，並向傅連開兩槍，他胸腹中槍倒地，接著朝撲向他的梁錦榮開了壹槍，梁錦榮胸口中槍即時倒地，壹同沖出打算制服匪徒的陳國柱被逼退回座位。
門多薩其後從車頭走到車尾，壹左壹右以瞄準頭部的方式向團友開槍，先後射殺梁頌詩、汪子林、楊綺琴及楊綺華。門多薩最後向車尾的陳國柱開槍，他本能舉起裝有水樽的尼龍袋背包擋子彈，雙手重創倒地。梁頌儀欲爬往受傷兄長梁頌學身邊，結果被槍手開兩槍打死。
門多薩其後走到旅遊巴士第6排準備向車外迎擊，期間他透過電話向主持人要求警方放人，威脅會殺害更多人質，在19時30分掛斷電話。門多薩命令司機盧邦把旅遊巴士前進，但警員擊中輪軚，旅遊巴士移動壹段短距離後停下。盧邦要求門多薩釋放他，獲對方同意，並利用指甲鉗打開手銬成功逃脫，由司機席旁邊的門窗跑向警方，宣稱車上人質全部被殺。談判人員嘗試聯絡門多薩，但直至20時仍未接通。
馬格提貝確定槍聲後命令進攻，由3個小隊組成的特種武器和戰術部隊於19時35分包圍旅遊巴士，門多薩以M16自動步槍在車內開火，而攻堅部隊以鐵錘企圖擊破車窗的強化玻璃不果，並於20時09分報告未能從缺口進入車內。他們向巴士投擲自購的螢光棒，又試圖用警車和繩索強行拉開在車前方的推入式車門，但是繩索在拉扯下繩結松開，攻堅行動直到20時11分仍然膠著。指揮官其後命令特別行動隊聯合進行攻堅，20時16分以梯子接駁成功開啟的太平門，但是警員進入即遭到門多薩伏擊開火，警察才踏入壹步，半身進車，即被連開4槍，直接打在防彈盾上，持盾警員即時驚叫“嘩、嘩、嘩、嘩”，隨即急忙逃退。其後，馬格提貝被撤銷現場指揮官權限，特別行動隊全盤接手行動。
期間槍手突然用M16突擊步槍向車外亂槍掃射，至少射擊20發子彈，留下1至2排***逾20個子彈孔。在現場采訪的香港無線電視新聞部工程人員溫明及壹名當地小童均被流彈擊中，分別擦傷肚部及被擊中腿部。在特別行動隊施放3枚催淚彈下，門多薩走到旅遊巴士前方，在20時41分被狙擊手射擊擊中致命，屍體跌出旅遊巴士的正車門外，人質挾持事件結束。
另外壹方面，警察總局在當晚7時許簽署了門多薩期望的正式復職令，然而薩爾瓦多將其帶往劫持現場時，因為嚴重交通堵塞而耽誤了時間。薩爾瓦多曾經多次撥打門多薩的手機，惟由於壹直忙音無法接通。最終薩爾瓦多趕到現場時，門多薩已經射殺人質。