3C，4C，5C以及HiC測序技術都有些什麽不同？
3C技術最早是2002年Deker提出來的，目的是捕獲染色體的interaction，基本假設是，染色體中的interaction是以蛋白為介導的。那麽通過限制酶酶切，補平，連接，打斷，PCR後，如果染色體A,B兩點就相互作用，根據這兩點特意序列的引物就能PCR出產物，也就驗證了是有interaction的。但是可惜，每1對位點的驗證就需要設計1對特異性引物，很麻煩。
總結起來，就是3C，可以驗證1個點與1個點的相互作用，每1對相互作用需要1對引物。4C 因為3C過於麻煩，所以後來人們設計了雙酶切位點，然後通過成環的形式，保證了只需要設計1對引物，就可以檢測1個位點對多個位點的相互作用，這就是4C，這個多出來的C是circle的意思。 總結起來，4C技術，可以驗證1個點與多個點的相互作用，因為根據這1個點設計，關鍵步驟是成環。5C技術是在4C的技術上，加了個tag標簽，導致可以檢測many-to-many的相互作用。沒啥說的。 Hi-C的基本步驟是，甲醛交聯，限制酶切，末端補平加biotin，平末端連接，超聲破碎，biotin富集，建庫測序。整個過程是沒有特異性引物存在的。而且依靠高通量的測序技術，Hi-C可以展現出，整個染色體all-to-all的互作關系。 總結起來，Hi-C，獲得all-to-all的互作關系。 ChIA-PET 如果關心Hi-C技術，就壹定會關註到ChIA-PET技術，這個技術是用特異性抗體富集interaction信息。比如CTCF，比如pol II的抗體，然後類似的步驟，建庫測序。ChIA-PET的數據應該是Hi-C數據的壹個子集。Capture-C，DNase-C等等，都是壹些Hi-C的衍生技術。