初龍次亞綱的亞種分類
槽齒目(Thecodontia)
本目是該次亞綱中最原始的類群，它們在古生代末起源於鱗龍次亞綱的始鱷類。初龍次亞綱的其余四目均是從本目演化出來的。本目的主要特征是：吻細長，外鼻孔分開，有眼前孔，鼻骨長，後頂骨小，有時消失，方骨垂直，內鼻孔向後；下頜細長；25-26個薦前椎，椎體雙凹到平凹型、腰帶三射型；後肢較長，趾式完全。最先出現於早三疊世，即南非的Erythrosuchus(引鱷)，北美上三疊統的Hesperosuchus(黃昏鱷)和Rutiodon(狂齒鱷)是本目的典型代表。我國山西、新疆上三疊統中也發現許多此目的化石。在三疊紀以後本目動物絕滅了。
鱷目(Crocodilia)
本目在三疊紀晚期直接從槽齒目進化而來，它們是“恐龍”的姊妹類群。現存的鱷類是本目的進步類群，它們是壹些大而兇猛的食肉爬行類。本目在中生代時相當繁盛，新生代時逐漸衰落，已發現700多個化石種，幾乎是世界性分布。現存僅20余種，分布範圍也變小了。本目的特征是體長，腿短，尾在垂直方向扁平呈漿狀；頭骨扁寬，具雕紋，吻長，上顳顬孔小，外鼻孔位於吻端；頂骨與額骨愈合；方骨大，向後傾斜；次生腭很發育；槽性齒；薦前椎23-24個，前凹型，尾椎為平凹型；薦椎2個；腰帶三射型；前肢較後肢短。
現存的揚子鱷是進步的真鱷亞目的代表。鱷類的進化是從晚三疊世的Protosuchus(原鱷)，經過侏羅、白堊紀時的中鱷類，在白堊紀晚期演化出現存的真鱷亞目的類群。
3?翼龍目(Pterosauria)
這是壹類征服空中會飛的爬行動物，其特征是前肢第四指骨特別加長支撐由身體側面延展的皮膜，變成翅膀，適於空中飛行，胸骨也相應地發達。最早出現於侏羅紀的Rhamphorhynchus Meyer(喙嘴龍)可作為代表，長約60cm；雙顳孔，大眼眶，具眼前孔；頭骨和頜骨的前部引長，帶尖齒，可能捕食魚類；頸較長，轉動靈活，背部縮短；尾很長，約為薦前脊柱長度的2倍，尾末尚有壹卵形的皮膜；前肢的肱骨粗壯，橈尺骨頗長，第四指極長，形成翼的主架，第五指消失，其他各指退化成小狀；肩胛骨與鳥喙骨強大，連接胸骨，作為附著鼓動翅膀的肌肉之用；後肢小。
Dsungaripterus Young(準噶爾翼龍) 這是發現於新疆烏爾禾下白堊統上部的完整飛龍類化石。體較大，兩翼伸長可達3.5m。體長約0.9m。頭骨長，前端窄而尖銳。頭骨上中棱發育。鼻孔與眼孔連通成大孔。上顎有14-15個牙齒，下顎有11-12個牙齒，但頜前部無牙。第四腕骨與第四指骨特長。
翼龍類生存的時間很短，白堊紀末期絕滅，這可能由於當時出現了“現代化”鳥類，受到排擠，無法與溫血而靈活的鳥類競爭之故。
蜥臀目(Saurischia)、鳥臀目(Ornithischia) 都是恐龍類(Dinosauria)，中生代占統治地位的爬行類。