（1）根據題幹“如果x染色體增加了棒狀眼基因B所在的染色體片段，則小眼的數量顯著減少，而表現出棒狀眼變異”分析，所以染色體上的基因B所在的染色體片段重復是屬於染色體結構變異，染色體結構變異的結果會造成基因的數目和排列順序發生改變．
（2）根據子代的表現型推斷親本的基因型．對照已知條件F1358個和45個小眼的雌果蠅的基因型分別是XBBXB和XBBBXB，根據基因的分離定律XB均來自與正常的父本．XBB和XBBB則來自於母本，即親本雌果蠅基因型是XBBBXBB；進而推出F1的雄果蠅的基因型有XBBY和XBBBY兩種基因型．F1 基因型為XBBXB和XBBBXB的雌果蠅與基因型為XBBY和XBBBY相互交配．可以形成XB、XBB、XBBB3種不同的雌配子和含X的XBB、XBBB2種雄配子．只有重復B基因最少的雌雄配子結合成XBXBB，小眼才最多（258個）；也只有重復B基因最多的雌雄配子結合成XBBBXBBB，小眼才最少（25個）．
（3）根據題意分析，本題的解題思路是：①壹個基因重復到非同源染色體上之後兩者可以自由組合．
②自由組合的後代如果有1個、3個或4個a（a+）基因存在時，隱性形狀則不表現．也就是只有基因型為aaoo的個體才表現為突變型．
③野生型果蠅II號染色體突變個體基因型為Aaoo，另壹野生型果蠅如果壹條III號染色體增加了含a基因的II號片段，其基因型為AAa+o，否則為AAoo．
④Aaoo 與AAa+o雜交，F1產生AAa+o、AAoo、Aaa+o和Aaoo四種基因型，各占
．
⑤F1自由交配用棋盤法，可以求得F2中aaoo=
+
+
+
=
．（如下表）
| AAa+o | AAoo | Aaa+o | 1/4Aaoo |
| AAa+o | 無 | 無 | 無 | 無 |
| AAoo | 無 | 無 | 無 | 無 |
| Aaa+o | 無 | 無 | Aaoo= | Aaoo= |
| Aaoo | 無 | 無 | Aaoo= | Aaoo= |
⑥另壹野生型果蠅如果壹條II號染色體增加了不含a基因的II號片段，其基因型為AAoo，則兩親本的基因型可以簡化為Aa和 AA，Aa和 AA雜交的F1 為Aa和 AA各占
，F1自由交配，同樣用棋盤法求得 F2中aa=
．
故答案是：
（1）染色體結構? 數目 位置（或排列順序）
（2）XBBBXBB 358?25
（3）
?