南通學院的戰後第二次合並（1945-1949年）
1945年，抗日戰爭勝利，南通學院師生準備遷回南通，在南通學院本部成立了還校辦事處，接管已滿目瘡痍的校舍校具。
南通學院農科、紡科（1946-1949年）
1946年秋，因校舍不夠，只有紡工系兩個班、染化系壹個班與農科壹年級回到南通上課，其余二、三、四年級學生只能在上海臨時校舍上課。
1947年春，農科農藝系與紡科二年級學生相繼遷回了南通唐閘上課，農科畜牧系與紡科三、 四年級學生，仍留在上海上課。
1948年，由於國***內戰，南通局勢不穩，除了新招的兩個班，其余的學生再次遷到了上海上課。
1949年8月，南通與上海解放，農科、紡科幾百人冒著酷暑，通過水陸兩路遷回南通，9月，農科農業經濟學系並入了浙江大學。
自1938年為抗日戰爭遷出，南通學院各科顛沛流離，整整12年。據當年的紡科學生、張謇的嫡孫張緒武回憶：“當滿載著全校師生的大達號輪船駛過狼山、靠近南通港時，幾乎每個人都是熱淚盈眶”。
南通學院醫科（1945年）
1945年，日本人投降後，國立江蘇醫學院準備遷至鎮江，私立南通學院報告要求在原址恢復醫科，後國民政府教育部批準了報告，於是原南通學院醫科師生從重慶碼頭登船，壹路順流而下回到南通。
為辦好醫科，南通學院時任常務校董張敬禮（原醫學專門學校首任校長張詧之子）特從大生紗廠拿出16億法幣，買下了當時的江北醫院，用於充實醫科、重建附屬醫院。
1946年，醫科正式恢復並招收新生。
這是飽經戰火的私立南通學院/私立南通大學的農科、醫科與紡科三科的第二次合並。
1946年，南通學院農科、醫科與紡科三科***錄351個學生，報考者有1332人。學校擁有壹流的排球隊、羽毛球隊。學生們自己辦有報刊雜誌，學生們吹拉彈唱，有的在大壹就開始排演曹禺的名劇《雷雨》、《原野》等。據張緒武（南通學院紡科本科1946級）回憶，他在劇中還曾扮演過周萍與焦大星兩角。
從校友曹成生保留的當年聽課筆記與考試試卷可知，南通學院當年是雙語教學，外籍教師很多，學生的英語水平很好，當年雖沒有大學英語四、六級考試，南通學院卻有大量畢業生出國留學。紡科校友黃立還保留著南通學院畢業留言簿，他當年的畢業證書是他自己動手設計、制作的，這算作是他的本科畢業論文（設計）。
當年的紡科、農科畢業紀念冊，從首任校長、學校沿革、老師介紹，再到同學的照片，做得相當精美，這些都是學生自己設計、制作的。且裏面還有壹些產品的小廣告，這樣學生們就可有所收入、自食其力了。據當年的照片顯示，抗美援朝時期，南通學院學生走上街頭，宣傳抗美援朝的偉大意義。在1950年，包括張緒武在內，南通學院紡科壹大半學生提前畢業，響應國家號召，雄赳赳氣昂昂奔赴東北，支持新中國的建設。