《合金裝備》全系列的故事
二戰結束後，世界分為東西兩大陣營,美蘇兩個超級大國開始對峙，進入冷戰時代，美國為了應付冷戰的諜報任務,THE BOSS成立了特種部隊FOX UNIT. 不久後蘇聯也為了應付冷戰的諜報任務,成立了特種部隊HOUND UNIT。1963年METAL GEAR的主體開發完成,並被制造出來了。此時在蘇聯GRU上校認為時機成熟準備叛亂,目標為奪取METAL GEAR，妄圖來征服世界，計劃綁架蘇聯科學家，METAL GEAR的研發者-索科洛夫博士。而索科洛夫博士則美國提出求救,Snake臨危授命，空降到諾亞斯克山區，降落到地面後正式開始"正義作戰行動 (COMMENCING VIRTUOUS MISSION)",任務目標為確保索科洛夫博士的安全並將其成功帶回來。但是任務失敗了，而且更糟的是GRU上校Thunderbolt發射了THE BOSS帶來的兩顆自帶手持發射裝置的微型核彈。核彈爆炸引起蘇聯的震動，接著THE BOSS被美國出賣，核撣爆炸所引起的壹切責任都推到THE BOSS頭上，成為世界的罪人。第壹次任務未完成，Snake又被安排了新任務，被安排去了解這場危機，解決掉這其中所有對美國不利的人，因為將要面對的敵人中有THE BOSS創立的眼鏡蛇特種部隊，行動代號取名“食蛇者(Snake Eater)“。任務中又邂逅了另壹名間諜EVA。在EVA的幫助下，Snake成功潛入守衛METAL GEAR的基地，消滅了眼鏡蛇部隊，摧毀了METAL GEAR，最後忍痛殺了自己的導師THE BOSS，在第三國女特工EVA的幫助下，他回國後被授予"BIG BOSS”稱號。
這時的BIG BOSS才醒悟到這壹切是壹個騙局，他想好了自己以後該走的路，就是不要相信，並繼承了THE BOSS的意誌，就是要靠要用強硬的手段再讓東西方統壹。BIG BOSS後來成立了FOXHOUND，開始用自己的意誌來處理世界上的各種爭端。
Metal Gear Solid Operation Portable
Ops的故事發生在1970年，食蛇者作戰後的第六年，在知道被國家背叛後，Big Boss，這位當時的Snake開使對他的上級不滿，不久，Big Boss帶著他的老部下離開了狐貍部隊（FOX UNITE），不幸的是，事情沒有這麽簡單。
狐貍部隊在南美發動叛亂後，Big Boss被政府逮捕。他建立了獵狐犬部隊（FOXHOUND Unit）來洗刷自己的罪名。這是狐貍部隊已經控制了壹種危險的終極武器，這就是Big Boss將要和他的部隊前去戰鬥的東西。
Metal Gear Solid Peace Walker
PW的故事發生在1974年。Big Boss受哥斯達黎加女學生Paz（實為Zero部下）與和平大學和平專業教授Galvez（實為KGB間諜）之邀請，去哥斯達黎加剿滅壹支與CIA關系密切的傭兵部隊，發現這支部隊是由CIA中南美分部頭目Coldman領導的；而且由Dr.Strangelove和Dr.Huey（Otacon之父）正在負責研制有AI部分的Metal Gear從而得到核抑制力，向美國方面發布蘇聯即將對美國全境進行核打擊的假信息；雖然Big Boss最終抓住了Coldman，但是此系列MG的最終產品——Peace Walker被Coldman在彌留之際開啟了核武器發射模式，準備向美國境內發射核導彈，從而真正挑起世界兩大軍事集團的正面沖突，最後這場陰謀還是被 Big Boss和他的MSF軍及時制止了。
經過這壹事件，Big Boss決定把MSF（士兵無國界）發展為Outer Heaven。
Metal Gear
Outer Heaven危機
1995年，壹個由雇傭兵組成的軍事要塞國家OUTER HEAVEN悄然在南非建立。
不久，西方國家得到情報，在OUTER HEAVEN的地下，有著壹件足以重寫戰爭歷史的大規模毀滅性
武器。特種部隊——FOX HOUND的最高指揮官BIG BOSS在接到指令後，派出了他最好的士兵，代號“灰狐”潛入了OUTER HEAVEN，這次行動的代號為“侵入行動N313”。
過了幾天。灰狐就與部隊失去了聯絡，他向部隊發出了最後情報是就是“METAL GEAR......”
BIG BOSS又派出了壹個剛剛加入“FOX-HOUND”的士兵SOLID SNAKE來繼續處理此事。 SNAKE成功的潛入了OUTER HEAVEN的外圍之後，成功的救出了灰狐。並且了解到了有關METAL GEAR的情況，METAL GEAR是壹種能夠在地球表面的任何壹個地方對地面上的任何目標實施核打擊的步兵戰車，OUTER HEAVEN可以利用METAL GEAR建立起對整個世界的軍事優勢。為了進壹步了解METAL GEAR的情況，SNAKE順藤摸瓜還救出了Petrovich Madnar博士, Madnar是被Outer Heaven綁架後強迫進行技術開發工作的，METAL GEAR正是博士開發研究出來的。Snake還救出了博士的女兒Ellen，出於感激，博士告訴了Snake關於Metal Gear的弱點和破壞的方法。正當SNAKE壹步步接近METAL GEAR的時候，各種致命陷阱在威脅著SNAKE。SNAKE所有的行動敵人都了如指掌！
在逐步升級的戰鬥中， SNAKE在跟Outer Heaven最優秀的雇傭兵戰鬥中受傷了！憑借著他那不屈不撓的精神，SNAKE來到了開發METAL GEAR的秘密基地，第100層地下室。經過了壹場艱苦戰鬥SNAKE終於摧毀了METAL GEAR。
任務完成！SNAKE開始逃離OUTER HEAVEN，壹個男人擋住了SNAKE的道路，他正是OUTER HEAVEN的創立者——FOX HOUND的最高指揮官BIG BOSS！！
BIGBOSS之所以派SNAKE來執行任務，是認為SNAKE沒有經驗，試圖讓任務失敗，從而達使“西方”的信息混亂的目的。但是BIG BOSS想錯了。他沒有想到SNAKE能夠如此優秀.
失去了METAL GEAR，BIGBOSS感到絕望。他大喊著：“妳們已經走得太遠了太遠了！”同時也啟動了基地的毀滅裝置。
在地下100層，兩個優秀的軍人開始了最後的決戰!最後，SNAKE戰勝了BIGBOSS。同壹時候， 由最強的雇傭兵駐守的武裝要塞——OUTER HEAVEN，在火焰中消亡了。當OUTER HEAVEN崩潰時，只剩下SNAKE壹 人生存下來......
METAL GEAR 2 Solid Snake
隨著美蘇關系緩和，國際局勢區域冷卻，世界軍事力量進入了互相壓制的時代。
1999年，在中東某國突發暴動，Zanzibar（桑吉巴爾島）上的壹個軍事管制臨時政府，突襲了世界各國的“核武器臨時安置庫”，奪取了那些並未來得及按照和平條約銷毀的核武器。這樣壹來便成為了世界上唯壹擁有核武器的國家，對世界範圍內造成了嚴重的核威脅。
同年，Marv博士被Zanzibar的武裝力量所綁架，因為Marv博士發現研發了壹種叫做 OILIX的微生物，壹種能精練石油的細菌。Zanzibar力圖通控制過核武器和“OILIX”控制達成其控制全球的軍事目的。對於Zanzibar的核武器威脅，為了世界的和平與穩定，避免壹場核危機即將爆發，FOXHOUND特種部隊臨危授命再次出動。
在上次的Outer Heaven的事件中被BIG BOSS出賣FOXHOUND特種部隊又回到了新司令官Roy Campbell手中，在其召喚下，已經退役Solid Snake再次接受了任務。
任務目的是潛入Zanzibar Land，救出Marv博士和銷毀新型的Metal Gear。Snake獨自潛入了Zanzibar，然而在任務中，Snake發現了Zanzibar's組織的首領竟然是前FOXHOUND的隊友 Grey Fox。經過苦戰，Snake終將這夕日的戰友親手打敗。然而事件還沒完，Snake和“BIG BOSS”再度相遇，從塞外天國的火焰中生還的Big Boss，並駕駛著新型的Metal Gear回來了！經過壹番苦戰，Snake終於手韌了自己的老爸。任務完成後，Snake再度退出了FOXHOUND部隊，獨自隱居在偏遠的阿拉斯加山雙子湖地區。
1990年代末…整個世界終於步入了和平和穩定的時期.
兩個在冷戰時期鬧得不可開交的超級大國之間的關系總算有所緩和.
地區間的沖突似乎也被解決,所謂的核大戰威脅,好像已經是很久以前的事情了…
但是,總是會有那麽壹些人對和平報有敵對情緒…
中東地區的緊張氣氛正在慢慢形成.
Zanzibar Land, 壹股小武裝集團力量悄悄地掌握了*,這個和中國,前蘇聯以及中東都有接壤的小國成為了不穩定的中心…
Zanzibar Land開始攻擊世界上所有的核武器儲備點,占據了那些還能工作的核武器,使自己成為了世界上唯壹的核武器擁有國.
隨後,它開始肆無忌憚的侵略周圍的國家.
已經宣誓同核武器斷絕關系的和平世界在壹次籠罩在了核武器戰爭這壹死而復生幽靈的魔爪之下.
困擾整個世界的不僅如此,還有已經宣稱還能持續開發40年的石油儲備…似乎壹夜之間毫無征兆的突然枯竭了.在沒有合適的替代能源出現之前,整個世界都陷入了嚴重的能源危機之中.
就是在這些恐怖的情況之下, 壹位捷克的生物學家, Kio Marv博士開發出了壹種名為OILIX的細菌,它能合成高純度石油!這個發現讓本已動蕩不安的世界局勢被推倒了又壹個緊張的高潮之中---Kio Marv博士在去美國參加科學會議的時候,被從Zanzibar派出的特工綁架了.
現在,同時擁有世界唯壹的核武器和石油來源OILIX的Zanzibar開始計劃武力征服世界的行動.
壹個僅有幾微米長度的細菌正在改變著整個世界的局勢…
Metal Gear Solid (影子摩西島)
在 Shadow Moses 事件中,在位於影子摩西島的核武器廢除基地正在舉行的演習的高科技特種部隊FOXFOUND突然發起武裝暴動，當時的FOXHOUND已經成為了壹支反恐部隊。其隊員，都經過嚴格檢測篩選，具有優秀戰士DNA的最精銳部隊，這支強悍的作戰部隊隊員，甚至被灌以超人稱號。
FOXHOUND武裝控制了阿拉斯加海域上的 Shadow Moses島，掠奪了新的Metal Gear"REX"，並以發射核彈作為要挾，要求得到20世紀最強戰士—BIG BOSS的遺體和10億美圓。這是歷史上規模最大的恐怖行動。應美國的請求, FOXHOUND 的舊任指揮官-陸軍上校 Roy Campbell 作為解決此次事件的總指揮官，由他召回在已經阿拉斯加隱居的傳說之戰士“Solid Snake”，來完成最後壹次被認為不可能完成的任務。任務目的是在24小時內，解救被作為人質的DARPA局長唐納德-安德森與ARMSTECH公司總裁肯尼斯-貝克，打擊暴動的FOXFOUND，解除他們的武裝與Metal Gear的核威脅！
Snake 這壹次潛入到基地的核心.Snake發現叛變武裝的首領是Lquid Snake。Liquid身邊的是FOXHOUND部隊裏最頂尖的成員，gunslinging torture、左輪、心理螳螂、烏鴉、狙擊狼、偽裝大師章魚。而Liquid Snake的目的就是企圖得到BIG BOSS後，通過基因技術，篩選那“傳說中的戰士”的基因，實現優化DNA精銳戰士部隊的量產化。
在行動中, Snake得到了Hal Emmerich 博士的協助. Hal Emmerich 博士(代號 Otacon)曾經參與過合金裝備的研制工作。任務中Snake不幸被捕，卻意外邂逅了坎貝爾上校的侄女-Meryl，幫助Snake成功越獄，任務後成為了Snake的愛人。另外,Snake還遇到了個神秘忍者。其實神秘忍者的真正身份是Sanke的FOXHOUND戰友-Grey Fox, 也是在 Zanzibar Island （桑吉巴爾島）事件中投靠 Big Boss 的 FOXHOUND 成員. 不過, 他這壹次來是要助 Snake 壹臂之力的。在FOX的幫助下, Snake 成功地摧毀了REX, FOX光榮犧牲。 最後Snake找到了恐怖組織的首腦 Liquid. Solid Snake 和 Liquid Snake兩人都帶有20世紀最完美的戰士Big Boss的基因。他們兩人之間展開了壹場激烈拼殺。最後還是 Snake 擊敗了Liquid。任務完成之後, Snake和Meryl壹起消失在阿拉斯加的冰天雪地中，傳為經典！
Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty
經過上次影子摩西島事件後，Snake加入了國際性組織，與OTACON博士合作調查新型 “METAL GEAR”的詳細資料，並向全世界發表以阻止其生產。Snake潛入停泊在港口的美軍的壹部運載著新型“METAL GEAR”的油輪內，搜尋所需的資料。但是上船後不久就發生了突發事件，軍艦被壹夥似乎是俄軍的武裝組織占領，Snake從望遠鏡裏面看見武裝中其中壹人是蘇聯GRU的上校GURLUKOVICH。隨後Snake先是和武裝成員，GURLUKOVICH的女兒OLGA展開槍戰，後終於找到了新型號的 METAL GEAR RAY。找到METAL GEAR RAY後，便用手持數碼相機拍照做為證據。利用電腦將照片傳送給了OTACON。 就在這時OCELOT也殺出，而OCELOT的體內似乎存在著LIQUID的意誌。OCELOT成功地將METAL GEAR RAY奪走，破壞了油輪，SNAKE也消失在茫茫大海之中，生死未蔔
2009年
在METAL GEAR RAY被奪走的“TANKER事件”後兩年，美國總統和壹批政要被恐怖份子“DEAD CELL”綁架在壹個名為“BIG SHELL”的海上裝置上。並索要30億美元，否則除了殺死全數人質外，還會將“BIG SHELL”炸毀，令該處的有毒廢料嚴重汙染海洋。為了解決此綁架事件，派出代號為“RAIDEN”的特工。
雷電成功地潛入，碰到了由Snake假拌的PLISKIN，完成了拆除C4的艱巨任務。在和總統見面後得知不少關於這次事件的真相，此次綁架事件的首領為“SOLIDUS snake",BIG BOSS又壹個克隆體，而且竟然是自己的養父。為了阻止新型METAL GEAR“ARSENAL GEAR”的啟動，RAIDEN從總統手上接過載有病毒程序的光碟，以及奉命尋找ARSENAL GEAR主程序員之壹的EMMA，以阻止發生核彈危機。後來RAIDEN找到了OTOCON的妹妹EMMA。可惜病毒戰術未能生效，最後還是沒有阻止得了 ARSENAL GEAR的啟動，而EMMA在哥哥OTACON身邊死去。
ARSENAL GEAR終於還是啟動，而RAIDEN也被由OLGA假扮的“X先生”抓到SODLIUS處。但隨後又得到OLGA的幫助，RAIDEN成功逃出。
在消滅了許多量產型METAL GEAR 後，RAIDEN和SOLIDUS展開了大決戰。並最終將SOLIDUS擊敗。
實際上，雷電是“愛國者”組織S3計劃的核心，S3的真正含義是SELECTION FOR SOCIETAL SANITY（民智選擇），其真正意圖是控制人類的思想。雷電在BIG SHELL中的行動是S3的最後壹步，經過雷電的整個戰鬥過程，愛國者組織已經完成了S3計劃的最後信息收集。
Metal Gear Solid 4 Guns of the Patriots
這壹次的故事是在數年後的未來世界，該年代中戰爭被為軍事請負企業雇所支配，各企業派遣傭兵派遣到各地去作戰，而非是由國家來作戰，戰爭成為了企業經營的壹個商品，已經年老主角 Solid Snake 表面是壹名潛入到戰場中作戰的士兵，以對抗這壹種名為戰爭經濟的模式,實際上被派去暗殺幾大傭兵公司(PMC)的幕後操控者，也是他的老對手 ----Liquid Ocelot,然而，壹切都並非表面上的簡單壹切都起於愛國者，壹切又必須從愛國者這裏終結。