某科學的超電磁炮第二每集內容
第1集：
美琴作了壹個關於自己幼年時提供DNA樣體的夢。
美琴與黑子在街上發現有人在小巷內撿取人為散發的銀行卡，引起了她們的註意。
從風紀委員177支部出來的美琴遇到撿取銀行卡的佐天淚子，被她硬拉著幫忙了半天。
第2集：
與佐天分別後的美琴無意中聽到壹群小混混們盯上了壹個到處散發銀行卡高中女生，出於好奇，美琴偷偷跟過去圍觀。
為求財而來的小混混在壹棟商用住宅內搶劫散發銀行卡的高中少女，但過程中被高中少女用「壽命中斷」（實際上只是言語暗示）擊潰，少女之後對偷偷觀戰的美琴說了壹些奇怪的話。
第3集：
為了弄清楚真相的美琴透過黑客手段了解到這名少女的資料：長點上機學校三年級學生布束砥信。
為了徹底解開布束砥信談論自己的傳聞，美琴利用調查來的資料半夜潛入樋口制藥?第七藥學研究院調查與自己有關的傳聞真相。
潛入研究院的美琴在電腦內發現與自己有關的「量產能力者實驗計劃」已被凍結，放心的離開後，某位“妹妹”出現並將研究資料全部刪除。
第4集：
壹位禦阪妹妹誕生，最終進入外部實驗。暑假，禦阪和初春佐天淚子黑子等在超市逛，買了很多東西。回去的路上禦阪和第壹季某集中的小朋友相遇 被迫和他們壹起玩。中途花了很大力氣在扭蛋機中獲取呱太勛章。禦阪在送走小朋友途中感到了自己克隆人的氣息，拼命追尋，最終和妹妹（9982號）偶遇，禦阪非常震驚。
第5集：
從兩人談話的中美琴得知某個「實驗」的存在以及壹個「暗號」，有些疑惑的美琴無法套出更多有用的信息，只好帶著妹妹（9982號）遊玩了半天。
兩人分別後，妹妹（9982號）在小巷內與某位白發少年見面。
（21：00——），第九九八二次實驗正式開始。
美琴通過初春的幫忙解開「暗號」，並得知了「絕對能力進化實驗」的存在。
趕來的美琴在實驗現場目睹妹妹（9982號）被白發少年殺害。
第6集：
悲憤之余的美琴向那位白發少年發起攻擊。白發少年的能力使美琴的攻擊全部無效，連必殺技「超電磁炮」的攻擊都被反射。在白發少年發動攻擊前，大批妹妹趕來並阻止了兩人繼續戰鬥，白發少年受到警告後離開。離開時，白發少年向美琴告知了自己的名字：壹方通行。
美琴與布束砥信再次見面，表明自己不會就此屈服的決心。回到學校後美琴她沒有說任何關於事件的話，但在大家面前反應不太尋常，卻受到大家鼓勵。
第7集：
之後美琴大肆破壞與「絕對能力進化計劃」有關聯的研究設施。黑子很放心不下美琴，開始在附近巡查。結果冒出了很多的許願卡。後來黑子和壹個小朋友發生爭執但後來得知原因後，學姐和黑子幫助小朋友找到有四片葉子的三葉草作為禮物送給小朋友的好朋友。
第8集：
破壞活動引起了實驗計劃高層的關註，實驗高層決定雇傭暗部「道具（ITEM）」來進行防禦。
「道具（ITEM）」成員之壹的弗蘭達在[水穗機構病理解析研究所]埋伏潛入的“破壞者”美琴（為了壹半的傭金擅自提前行動），遭到美琴的反制，兩人追逐至壹個封閉的空間內。
布束砥信被邀請來到了「S制藥公司腦神經應用分析所」（與「實驗」有關的壹處研究所），發現研究人員正在將所有的研究資料進行轉移。
在弗蘭達的爆破技巧以及欺騙戰術的壓制下，美琴的能力被迫封鎖，遭受弗蘭達的打壓，但最後還是化險為夷。
正準備審問弗拉達的美琴被趕來的「道具（ITEM）」另外兩人：麥野沈利以及瀧壺理後逼退到通風管道內。
第9集：
在實驗地另壹處的布束砥信正準備趁亂進行妨礙「實驗」的工作，被早已埋伏好的「道具（ITEM）」成員娟旗 最愛捕獲，布束砥信以後的下落不明。
在麥野沈利以及滝壺理後的雙重配合之下，美琴漸漸被逼入絕境。
第10集：察覺了美琴真實身份的麥野在虛榮心的驅使下，支走了弗蘭達以及瀧壺理後兩人，自己獨自留下來想擊敗美琴。美琴依靠弗蘭達遺留下來的人偶炸彈以及陷阱，將處於絕對優勢的麥野沈利擊退，並在成功摧毀了設施內部的電腦後逃脫。留下來的麥野從逃脫的研究員那裏搶來了[絕對能力進化實驗計劃]的資料，得知了該實驗的全貌。
禦阪美琴壹大早就潛入「S制藥公司腦神經應用分析所」內，但發現裏面空無壹人，因而樂觀的以為實驗因為她的妨礙被暫停了，松了壹口氣。
第11集：在公園的上條購買飲料的兩千日元（紙幣）被自動販賣機吞掉，而在此時路過的美琴則使用能力幫忙，卻反而拉響了警報。
上條先後認識了白井黑子以及美琴的“妹妹”（不知道是哪號=-=）兩人。
拉走「妹妹」離開的美琴因為無法阻止實驗而自責，並且對「妹妹」亂發了壹通脾氣，兩人分別。這集中還展現了壹方通行為什麽又是如何加入[絕對能力進化實驗計劃]的。
第12集：
美琴前往了學院都市二十三學區[宇宙開發區域]，潛入了「樹狀圖的設計者情報收發中心」，發現裏面已經因為「樹狀圖的設計者」被摧毀而空無壹人。
上條當麻又再遇了禦阪妹妹（上集的那位）在她的逼迫下不得不收養壹只黑貓，在上條去購買關於養貓的書的時候，遠處壹方通行看到了書店外的禦阪妹妹，但此時禦阪10032號出現，說這次實驗的對象是她，不是站在書店外的那個。但不知道為什麽書店外的妹妹不久後也不見了。